SAXSdb — 2vxq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLLEN ALLERGEN PHL P 2

PHLEUM PRATENSE

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–122	片段：RESIDUES 27-122	FAB × 1 FAB × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；HANGING DROP DIFFUSION, 1 MICROL PROTEIN (IN 30 MM HEPES, 0.15 M NACL PH 6.8) MIXED WITH 1 MICROL RESERVOIR (20% PEG 3350, 0.2 M NAF)	分辨率 1.90 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2VXQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BMW A fibronectin type III fold in plant allergens: The solution structure of Phl PII from timothy grass pollen, NMR, 38 STRUCTURES 提交 1998-07-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–122（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM PHOSPHATE BUFFER；压力 1 NMR样品组成 H2O	分辨率未提供
1WHO ALLERGEN PHL P 2 提交 1997-04-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–122（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；CRYSTALLIZED FROM 24% PEG 4000 SOLUTION., pH 4.6	分辨率 1.90 Å
1WHP ALLERGEN PHL P 2 提交 1997-04-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–122（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；CRYSTALLIZED FROM 24% PEG 4000 SOLUTION., pH 4.6	分辨率 3.00 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MPAP2_PHLPR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–96； UniProt 27–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vxq
沉积日期 deposition_date	2008-07-08
结构标题 title	Crystal structure of the major grass pollen allergen Phl p 2 in complex with its specific IgE-Fab
关键词 keywords	RECEPTOR, SECRETED, RPHL P 2, ALLERGEN, ALLERGEN-IGE FAB COMPLEX, RECOMBINANT GRASS POLLEN ALLERGEN; ALLERGEN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.72 Å
零角强度 I(0) i0	52214700.00
分子量 molecular_weight	56267.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70256 Å³
包络体积 envelope_volume	86494 Å³
水化壳体积 shell_volume	27490 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.23 Å
包络 Rg envelope_rg	27.64 Å
形状 Rg shape_rg	27.70 Å
总 Rg total_rg	28.34 Å
总原子数 total_atoms	3967
残基数 n_residues	518
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	52210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8559
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.531
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.165
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.838; Smooth: 0.909

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	POLLEN ALLERGEN PHL P 2
分子量 formula_weight	10828.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4491

VPKVTFTVEKGSNEKHLAVLVKYEGDTMAEVELREHGSDEWVAMTKGEGGVWTFDSEEPLQGPFNFRFLTEKGMKNVFDDVVPEKYTIGATYAPEE

来源 Source

来源生物 organism	PHLEUM PRATENSE
通用名 common_name	COMMON TIMOTHY
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	15957
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FAB
分子量 formula_weight	22976.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

VQLLESGPGLVKPAQTLSLSCAVSGGSIRSGGYYWSWIRQHPGKGLEWIGYIYHSGNTYYNPSLKSRIAMSVDTSENKFSLRLNSVTAADTAVYYCARLDGYTLDIWGQGTLVTVSSSTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	CRICETULUS GRISEUS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	FAB
分子量 formula_weight	23445.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

EIEMTQSPSSLSASVGDRVTISCRASQRINTYLNWYQHKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGYGTDFTLTISSLQPEDFASYYCQESLSASYTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	CRICETULUS GRISEUS

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	524

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2vxqa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.3 — PHL pollen allergen
家族 Family family	b.7.3.1 — PHL pollen allergen

结构域编号 domain_id	d2vxqh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vxql1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vxql2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2vxqA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	760 — Expansin, cellulose-binding-like domain

结构域编号 domain_id	2vxqH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vxqH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vxqL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vxqL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.437 Å
晶胞边长 b length_b	105.437 Å
晶胞边长 c length_c	110.225 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1790
R_work r_work	0.1770
R_free r_free	0.2260

fit	/app/data/saxs_computation/vx/2vxq/2vxq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vx/2vxq/2vxq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vx/2vxq/2vxq.dat

Crystal structure of the major grass pollen allergen Phl p 2 in complex with its specific IgE-Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLLEN ALLERGEN PHL P 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)