2w08

The structure of serum amyloid P component bound to 0-phospho- threonine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 107.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERUM AMYLOID P-COMPONENT

物种未注明

UniProt P02743

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–223 链 B; UniProt 20–223 链 C; UniProt 20–223 链 D; UniProt 20–223 链 E; UniProt 20–223 未记录 CA CALCIUM ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 TPO PHOSPHOTHREONINE × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;0.06M TRIS-HCL PH8, 16% PEG 550MME, 0.01M CACL2, 0.08M NACL, 0.1% NAN3, 14.2MG/ML PROTEIN, 50MM LIGAND 分辨率 1.70 Å R-free 0.176

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SAMP_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–204; UniProt 20–223 作者链 B; PDB构建体 1–204; UniProt 20–223 作者链 C; PDB构建体 1–204; UniProt 20–223 作者链 D; PDB构建体 1–204; UniProt 20–223 作者链 E; PDB构建体 1–204; UniProt 20–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2w08

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2w08
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2w08
沉积日期 deposition_date2008-08-12
结构标题 titleThe structure of serum amyloid P component bound to 0-phospho- threonine
关键词 keywordsGLYCOPROTEIN, POLYMORPHISM, METAL-BINDING, TAU, LECTIN, CALCIUM, AMYLOID, SECRETED, ALZHEIMERS; GLYCOPROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.08
零角强度 I(0) i0197950000.00
分子量 molecular_weight118700.0 kDa
排除体积 excluded_volume150220 ų
包络体积 envelope_volume184310 ų
水化壳体积 shell_volume41862 ų
包络直径 envelope_diameter105.6
壳层 Rg shell_rg43.97
包络 Rg envelope_rg34.13
形状 Rg shape_rg35.07
总 Rg total_rg35.71
总原子数 total_atoms8385
残基数 n_residues1020
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.8
Rg (实空间) rg_real36.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77
I(0) (实空间) i0_real1.9790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal198000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9045
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary53.9
偏度 Skewness skewness-0.017
峰度 Kurtosis kurtosis-0.852
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha157100000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.966

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd2w08a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)
结构域编号 domain_idd2w08b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)
结构域编号 domain_idd2w08c_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)
结构域编号 domain_idd2w08d_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)
结构域编号 domain_idd2w08e_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id2w08A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200
结构域编号 domain_id2w08B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200
结构域编号 domain_id2w08C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200
结构域编号 domain_id2w08D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200
结构域编号 domain_id2w08E00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)