SAXSdb — 2w0c

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CAPSID PROTEIN P2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	PROTEIN 2 × 60 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 240 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 60 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 660	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	PROTEIN 2 × 1 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 4 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 1 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 11	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	PROTEIN 2 × 5 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 20 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 5 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 55	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	PROTEIN 2 × 6 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 24 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 6 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 66	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	PROTEIN 2 × 1 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 4 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 1 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 11	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	PROTEIN 2 × 60 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 240 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 60 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 660	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSD_BPPM2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 B； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 C； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 D； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 E； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 F； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 G； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 H； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 I； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 J； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269

PROTEIN 2

物种未注明

UniProt Q9XJR3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 600 （P15794） PROTEIN P3 × 240 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 60 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 660	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 10 （P15794） PROTEIN P3 × 4 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 1 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 11	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 50 （P15794） PROTEIN P3 × 20 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 5 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 55	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 60 （P15794） PROTEIN P3 × 24 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 6 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 66	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 10 （P15794） PROTEIN P3 × 4 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 1 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 11	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 600 （P15794） PROTEIN P3 × 240 （Q9XJR6） PROTEIN P6 × 60 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 660	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_BPPM2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335

PROTEIN P3

物种未注明

UniProt Q9XJR6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 600 （P15794） PROTEIN 2 × 60 （Q9XJR3） PROTEIN P6 × 60 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 660	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 10 （P15794） PROTEIN 2 × 1 （Q9XJR3） PROTEIN P6 × 1 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 11	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 50 （P15794） PROTEIN 2 × 5 （Q9XJR3） PROTEIN P6 × 5 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 55	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 60 （P15794） PROTEIN 2 × 6 （Q9XJR3） PROTEIN P6 × 6 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 66	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 10 （P15794） PROTEIN 2 × 1 （Q9XJR3） PROTEIN P6 × 1 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 11	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 600 （P15794） PROTEIN 2 × 60 （Q9XJR3） PROTEIN P6 × 60 （Q9XJR1） CALCIUM ION × 660	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P3_BPPM2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104 作者链 Q； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104 作者链 R； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104 作者链 S； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

PROTEIN P6

物种未注明

UniProt Q9XJR1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 600 （P15794） PROTEIN 2 × 60 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 240 （Q9XJR6） CALCIUM ION × 660	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 10 （P15794） PROTEIN 2 × 1 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 4 （Q9XJR6） CALCIUM ION × 11	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 50 （P15794） PROTEIN 2 × 5 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 20 （Q9XJR6） CALCIUM ION × 55	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 60 （P15794） PROTEIN 2 × 6 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 24 （Q9XJR6） CALCIUM ION × 66	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 10 （P15794） PROTEIN 2 × 1 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 4 （Q9XJR6） CALCIUM ION × 11	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	MAJOR CAPSID PROTEIN P2 × 600 （P15794） PROTEIN 2 × 60 （Q9XJR3） PROTEIN P3 × 240 （Q9XJR6） CALCIUM ION × 660	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P6_BPPM2
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2w0c
沉积日期 deposition_date	2008-08-13
结构标题 title	X-ray structure of the entire lipid-containing bacteriophage PM2
关键词 keywords	VIRUS, MEMBER OF PRD1-ADENO VIRAL LINEAGE, MEMBRANE-CONTAINING BACTERIOPHAGE, VIRUS VIRION, MEMBRANE, TRANSMEMBRANE, CAPSID PROTEIN; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2w0c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2w0c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2w0c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	279.70 Å
总 Rg	279.50 Å
原子数	1586820
残基数	205440
排除体积	28314000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2w0c__assembly_1__model_1`	960-MERIC （960）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2w0c__assembly_2__model_1`	hexadecameric （16）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`2w0c__assembly_3__model_1`	80-meric （80）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`2w0c__assembly_4__model_1`	96-meric （96）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`2w0c__assembly_5__model_1`	hexadecameric （16）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`2w0c__assembly_6__model_1`	960-meric （960）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MAJOR CAPSID PROTEIN P2
分子量 formula_weight	30233.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	26447

MRSFLNLNSIPNVAAGNSCSIKLPIGQTYEVIDLRYSGVTPSQIKNVRVELDGRLLSTYKTLNDLILENTRHKRKIKAGVVSFHFVRPEMKGVNVTDLVQQRMFALGTVGLTTCEIKFDIDEAAAGPKLSAIAQKSVGTAPSWLTMRRNFFKQLNNGTTEIADLPRPVGYRIAAIHIKAAGVDAVEFQIDGTKWRDLLKKADNDYILEQYGKAVLDNTYTIDFMLEGDVYQSVLLDQMIQDLRLKIDSTMDEQAEIIVEYMGVWSRNGF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN 2
分子量 formula_weight	37540.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MIVKKKLAAGEFAETFKNGNNITIIKAVGELVLRAYGADGGEGLRTIVRQGVSIKGMNYTSVMLHTEYAQEIEYWVGDLDYSFQEQTTKSRDVNSFQIPLRDGVRELLPEDASRNRASIKSPVDIWIGGENMTALNGIVDGGRKFEAGQEFQINTFGSVNYWVSDEEIRVFKEYSARAKYAQNEGRTALEANNVPFFDIDVPPELDGVPFSLKARVRHKSKGVDGLGDYTSISVKPAFYITEGDETTDTLIKYTSYGSTGSHSGYDFDDNTLDVMVTLSAGVHRVFPVETELDYDAVQEVQHDWYDESFTTFIEVYSDDPLLTVKGYAQILMERT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN P3
分子量 formula_weight	10767.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R,S

MNTSVPTSVPTNQSVWGNVSTGLDALISGWARVEQIKAAKASTGQGRVEQAMTPELDNGAAVVVEAPKKAAQPSETLVFGVPQKTLLLGFGGLLVLGLVMRGNK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN P6
分子量 formula_weight	14363.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MANFLTKNFVWILAAGVGVWFYQKADNAAKTATKPIADFLAELQFLVNGSNYVKFPNAGFVLTRDALQDDFIAYDDRIKAWLGTHDRHKDFLAEILDHERRVKPVYRKLIGNIIDASTIRAASGVEL

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

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晶胞边长 a length_a	946.900 Å
晶胞边长 b length_b	677.600 Å
晶胞边长 c length_c	1067.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2400

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.000 Å
最低分辨率 resolution_low	96.000 Å
R 因子 r_factor	0.4190
R_work r_work	0.4190
R_free r_free	—

X-ray structure of the entire lipid-containing bacteriophage PM2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CAPSID PROTEIN P2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN P3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN P6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2w0c__assembly_1__model_1

2w0c__assembly_1__model_1 | I(q)

2w0c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (3)

X-ray structure of the entire lipid-containing bacteriophage PM2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR CAPSID PROTEIN P2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN P3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN P6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2w0c__assembly_1__model_1

2w0c__assembly_1__model_1 | I(q)

2w0c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (3)