SAXSdb — 2w3o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA REPAIR PROTEIN XRCC1 × 1 （P18887） CALCIUM ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA REPAIR PROTEIN XRCC1 × 1 （P18887） CALCIUM ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PNKP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–113； UniProt 1–110 作者链 B； PDB构建体 4–113； UniProt 1–110

DNA REPAIR PROTEIN XRCC1

物种未注明

UniProt P18887

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE × 1 （Q96T60） CALCIUM ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE × 1 （Q96T60） CALCIUM ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XRCC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–8； UniProt 515–522 作者链 D； PDB构建体 1–8； UniProt 515–522

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2w3o
沉积日期 deposition_date	2008-11-13
结构标题 title	Crystal structure of the human PNKP FHA domain in complex with an XRCC1-derived phosphopeptide
关键词 keywords	;HYDROLASE, TRANSFERASE/PEPTIDE, FHA, PNKP, XRCC1, KINASE, NUCLEUS, POLYNUCLEOTIDE KINASE 3' PHOSPHATASE, DNA DAMAGE, DNA REPAIR, TRANSFERASE, ATP-BINDING, MULTIFUNCTIONAL ENZYME, POLYMORPHISM, PHOSPHOPROTEIN, PHOSPHO- PEPTIDE, NUCLEOTIDE-BINDING, BASE EXCISION REPAIR, TRANSFERASE-PEPTIDE complex ;; HYDROLASE,TRANSFERASE/PEPTIDE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2w3o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2w3o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2w3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.64 Å
Rg（电子密度）	13.22 Å
总 Rg	14.61 Å
原子数	817
残基数	106
排除体积	14527 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2w3o__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2w3o__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE
分子量 formula_weight	12117.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.32, 2.7.1.78
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1948

GPHMGEVEAPGRLWLESPPGEAPPIFLPSDGQALVLGRGPLTQVTDRKCSRTQVELVADPETRTVAVKQLGVNPSTTGTQELKPGLEGSLGVGDTLYLVNGEHPLTLRWEETR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA REPAIR PROTEIN XRCC1
分子量 formula_weight	1015.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

YAGSTDEN

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	286

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2w3oA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2w3oB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	56.900 Å
晶胞边长 b length_b	56.900 Å
晶胞边长 c length_c	62.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3
空间群编号 int_tables_number	143
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	62.750 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2360

Crystal structure of the human PNKP FHA domain in complex with an XRCC1-derived phosphopeptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA REPAIR PROTEIN XRCC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2w3o__assembly_1__model_1

2w3o__assembly_1__model_1 | I(q)

2w3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the human PNKP FHA domain in complex with an XRCC1-derived phosphopeptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL POLYNUCLEOTIDE PHOSPHATASE/KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA REPAIR PROTEIN XRCC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2w3o__assembly_1__model_1

2w3o__assembly_1__model_1 | I(q)

2w3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)