SAXSdb — 2w4i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMATE RACEMASE

HELICOBACTER PYLORI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	D-GLUTAMIC ACID × 2 1-[(3S)-5-PHENYL-3-THIOPHEN-2-YL-3H-1,4-BENZODIAZEPIN-2-YL]AZETIDIN-3-OL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	D-GLUTAMIC ACID × 2 1-[(3S)-5-PHENYL-3-THIOPHEN-2-YL-3H-1,4-BENZODIAZEPIN-2-YL]AZETIDIN-3-OL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MURI_HELPJ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 B； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 E； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 F； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2w4i
沉积日期 deposition_date	2008-11-25
结构标题 title	Crystal structure of Helicobacter pylori glutamate racemase in complex with D-Glutamate and an inhibitor
关键词 keywords	ISOMERASE, CELL SHAPE, GLUTAMATE RACEMASE, CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION, PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS, PEPTIDOGLYCAN BIOSYNTHESIS; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2w4i__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2w4i__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2w4i__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.47 Å
Rg（电子密度）	24.43 Å
总 Rg	25.45 Å
原子数	4053
残基数	508
排除体积	73670 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2w4i__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2w4i__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GLUTAMATE RACEMASE
分子量 formula_weight	28532.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.1.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	9466

MKIGVFDSGVGGFSVLKSLLKARLFDEIIYYGDSARVPYGTKDPTTIKQFGLEALDFFKPHEIELLIVACNTASALALEEMQKYSKIPIVGVIEPSILAIKRQVEDKNAPILVLGTKATIQSNAYDNALKQQGYLNISHLATSLFVPLIEESILEGELLETCMHYYFTPLEILPEVIILGCTHFPLIAQKIEGYFMGHFALPTPPLLIHSGDAIVEYLQQKYALKNNACTFPKVEFHASGDVIWLERQAKEWLKL

来源 Source

来源生物 organism	HELICOBACTER PYLORI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	D-GLUTAMIC ACID
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1-[(3S)-5-PHENYL-3-THIOPHEN-2-YL-3H-1,4-BENZODIAZEPIN-2-YL]AZETIDIN-3-OL
分子量 formula_weight	373.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1351

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2w4iA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 —

结构域编号 domain_id	2w4iA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 —

结构域编号 domain_id	2w4iB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 —

结构域编号 domain_id	2w4iB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 —

结构域编号 domain_id	2w4iE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 —

结构域编号 domain_id	2w4iE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 —

结构域编号 domain_id	2w4iF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 —

结构域编号 domain_id	2w4iF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1860 —

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晶胞边长 a length_a	59.074 Å
晶胞边长 b length_b	93.982 Å
晶胞边长 c length_c	101.295 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	24.670 Å
R 因子 r_factor	0.1580
R_work r_work	0.1560
R_free r_free	0.2090

Crystal structure of Helicobacter pylori glutamate racemase in complex with D-Glutamate and an inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMATE RACEMASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2w4i__assembly_2__model_1

2w4i__assembly_2__model_1 | I(q)

2w4i__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Helicobacter pylori glutamate racemase in complex with D-Glutamate and an inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMATE RACEMASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2w4i__assembly_2__model_1

2w4i__assembly_2__model_1 | I(q)

2w4i__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)