SAXSdb — 2wax

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3 × 1 （Q96F86） 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 3 PHOSPHATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3 × 1 （Q96F86） 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 3 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDX6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–193； UniProt 296–483 作者链 C； PDB构建体 6–193； UniProt 296–483

ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3

HOMO SAPIENS

UniProt Q96F86

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6 × 1 （P26196） 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 3 PHOSPHATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6 × 1 （P26196） 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 3 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EDC3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 8–44； UniProt 192–228 作者链 D； PDB构建体 8–44； UniProt 192–228

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wax
沉积日期 deposition_date	2009-02-18
结构标题 title	Structure of the human DDX6 C-terminal domain in complex with an EDC3- FDF peptide
关键词 keywords	;DEAD-BOX PROTEIN, NUCLEOTIDE-BINDING, P54, RCK, MIRNA, P-BODIES, HELICASE, DECAPPING, RNA-BINDING, PROTO-ONCOGENE, PHOSPHOPROTEIN, CHROMOSOMAL REARRANGEMENT, ATP-DEPENDENT RNA HELICASE, HYDROLASE, CYTOPLASM, MRNA DECAY, ATP-BINDING ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wax__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wax__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wax__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.25 Å
Rg（电子密度）	16.83 Å
总 Rg	17.91 Å
原子数	1623
残基数	193
排除体积	28982 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wax__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2wax__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
分子量 formula_weight	22475.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3497

GPQDPYEINLMEELTLKGVTQYYAYVTERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCFYIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGLCRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRIGRSGRFGHLGLAINLITYDDRFNLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEKP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3
分子量 formula_weight	5069.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GPHMADLFGDDIEEIPDTDFDFEGNLALFDKAAVFEEIDTYERR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID
分子量 formula_weight	221.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	235

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2waxa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2waxc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2waxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2waxC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	172.630 Å
晶胞边长 b length_b	47.850 Å
晶胞边长 c length_c	65.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	46.080 Å
R 因子 r_factor	0.1932
R_work r_work	0.1897
R_free r_free	0.2596

Structure of the human DDX6 C-terminal domain in complex with an EDC3- FDF peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wax__assembly_2__model_1

2wax__assembly_2__model_1 | I(q)

2wax__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the human DDX6 C-terminal domain in complex with an EDC3- FDF peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wax__assembly_2__model_1

2wax__assembly_2__model_1 | I(q)

2wax__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)