SAXSdb — 2wb2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOTOLYASE

DROSOPHILA MELANOGASTER

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;5'-D(APCPAPGPCPGPGP64PPZPGPCPAP GPGPT)-3' ; × 1 5'-D(TPAPCPCPTPGPCPGPAPCPCPGPCPTPG)-3' × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SXK5_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–543； UniProt 1–520

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wb2
沉积日期 deposition_date	2009-02-20
结构标题 title	Drosophila Melanogaster (6-4) Photolyase Bound To double stranded Dna containing a T(6-4)C Photolesion
关键词 keywords	LYASE-DNA COMPLEX, PHOTOLESION, DNA PHOTOLYASE, LYASE; LYASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wb2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wb2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wb2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.97 Å
Rg（电子密度）	25.85 Å
总 Rg	26.77 Å
原子数	4823
残基数	536
排除体积	83866 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wb2__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOTOLYASE
分子量 formula_weight	62910.1 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.99.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4823

MASWSHPQFEKGASTSLYKKAGLMDSQRSTLVHWFRKGLRLHDNPALSHIFTAANAAPGRYFVRPIFILDPGILDWMQVGANRWRFLQQTLEDLDNQLRKLNSRLFVVRGKPAEVFPRIFKSWRVEMLTFETDIEPYSVTRDAAVQKLAKAEGVRVETHCSHTIYNPELVIAKNLGKAPITYQKFLGIVEQLKVPKVLGVPEKLKNMPTPPKDEVEQKDSAAYDCPTMKQLVKRPEELGPNKFPGGETEALRRMEESLKDEIWVARFEKPNTAPNSLEPSTTVLSPYLKFGCLSARLFNQKLKEIIKRQPKHSQPPVSLIGQLMWREFYYTVAAAEPNFDRMLGNVYCMQIPWQEHPDHLEAWTHGRTGYPFIDAIMRQLRQEGWIHHLARHAVACFLTRGDLWISWEEGQRVFEQLLLDQDWALNAGNWMWLSASAFFHQYFRVYSPVAFGKKTDPQGHYIRKYVPELSKYPAGCIYEPWKASLVDQRAYGCVLGTDYPHRIVKHEVVHKENIKRMGAAYKVNREVRTGKEEESSFEEKSET

来源 Source

来源生物 organism	DROSOPHILA MELANOGASTER
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(APCPAPGPCPGPGP64PPZPGPCPAP GPGP*T)-3' ;
分子量 formula_weight	4637.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ACAGCGGXCGCAGGT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(TPAPCPCPTPGPCPGPAPCPCPGPCPTP*G)-3'
分子量 formula_weight	4545.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TACCTGCGACCGCTG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2wb2a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.28 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.28.1 — Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain
家族 Family family	c.28.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wb2a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.99 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.99.1 — Cryptochrome/photolyase FAD-binding domain
家族 Family family	a.99.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2wb2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	2wb2A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	2wb2A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	579 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3

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晶胞边长 a length_a	87.550 Å
晶胞边长 b length_b	89.000 Å
晶胞边长 c length_c	91.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	45.000 Å
R 因子 r_factor	0.2055
R_work r_work	0.2035
R_free r_free	0.2425

Drosophila Melanogaster (6-4) Photolyase Bound To double stranded Dna containing a T(6-4)C Photolesion

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOTOLYASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wb2__assembly_1__model_1

2wb2__assembly_1__model_1 | I(q)

2wb2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)

Drosophila Melanogaster (6-4) Photolyase Bound To double stranded Dna containing a T(6-4)C Photolesion

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOTOLYASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wb2__assembly_1__model_1

2wb2__assembly_1__model_1 | I(q)

2wb2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)