SAXSdb — 2wc1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FLAVODOXIN

RHODOBACTER CAPSULATUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLAV_RHOCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wc1
沉积日期 deposition_date	2009-03-06
结构标题 title	Three-dimensional Structure of the Nitrogen Fixation Flavodoxin (NifF) from Rhodobacter capsulatus at 2.2 A
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT, FLAVOPROTEIN; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wc1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wc1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wc1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.59 Å
Rg（电子密度）	15.07 Å
总 Rg	16.32 Å
原子数	1433
残基数	182
排除体积	25534 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wc1__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FLAVODOXIN
分子量 formula_weight	19834.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1507

MAKIGLFFGSDTGTTRKIAKQIKDMFDDEVMAKPLNVNRADVADFMAYDFLILGTPTLGDGQLPGLSANAASESWEEFLPRIADQDFSGKTIALFGLGDQVTYPLEFVNALFFLHEFFSDRGANVVGRWPAKGYGFEDSLAVVEGEFLGLALDQDNQAALTPERLKGWLSLIAADFGLVLPA

来源 Source

来源生物 organism	RHODOBACTER CAPSULATUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1061
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2wc1a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.1 — Flavodoxin-related

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2wc1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

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7. 引用文献 (7)

;Structural and Phylogenetic Analysis of Rhodobacter Capsulatus Niff: Uncovering General Features of Nitrogen-Fixation (Nif)-Flavodoxins. ;

Int.J.Mol.Sci. (2013)

PMID: 23303276 · DOI: 10.3390/IJMS14011152 PRIMARY

Crystallization of a Flavodoxin Involved in Nitrogen Fixation in Rhodobacter Capsulatus.

Acta Crystallogr.,Sect.F (2008)

PMID: 18453705 · DOI: 10.1107/S1744309108008038

The Ferredoxin-Nadp(H) Reductase from Rhodobacter Capsulatus: Molecular Structure and Catalytic Mechanism.

Biochemistry (2005)

PMID: 16128574 · DOI: 10.1021/BI0508183

The Oxidant-Responsive Diaphorase of Rhodobacter Capsulatus is a Ferredoxin (Flavodoxin)-Nadp(H) Reductase.

FEBS Lett. (2003)

PMID: 14572660

;Stopped-Flow Kinetic Studies of Low Potential Electron Carriers of the Photosynthetic Bacterium, Rhodobacter Capsulatus: Ferredoxin I and Niff. ;

Biochim.Biophys.Acta (1998)

PMID: 9711296

Cloning, Characterization, and Regulation of Niff from Rhodobacter Capsulatus.

J.Bacteriol. (1996)

PMID: 8682802

Purification and Properties of a Nif-Specific Flavodoxin from the Photosynthetic Bacterium Rhodobacter Capsulatus.

J.Bacteriol. (1993)

PMID: 8226618

晶胞边长 a length_a	66.400 Å
晶胞边长 b length_b	66.400 Å
晶胞边长 c length_c	121.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.170 Å
最低分辨率 resolution_low	25.660 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.2670

Three-dimensional Structure of the Nitrogen Fixation Flavodoxin (NifF) from Rhodobacter capsulatus at 2.2 A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FLAVODOXIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wc1__assembly_1__model_1

2wc1__assembly_1__model_1 | I(q)

2wc1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (7)

Three-dimensional Structure of the Nitrogen Fixation Flavodoxin (NifF) from Rhodobacter capsulatus at 2.2 A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FLAVODOXIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wc1__assembly_1__model_1

2wc1__assembly_1__model_1 | I(q)

2wc1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (7)