2wcd

Crystal structure of the assembled cytolysin A pore

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEMOLYSIN E, CHROMOSOMAL

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	ETHYL MERCURY ION × 48	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	ETHYL MERCURY ION × 24	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	ETHYL MERCURY ION × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HLYE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 B； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 C； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 D； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 E； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 F； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 G； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 H； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 I； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 J； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 K； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 L； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 M； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 N； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 O； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 P； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 Q； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 R； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 S； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 T； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 U； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 V； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 W； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303 作者链 X； PDB构建体 8–309； UniProt 2–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wcd
沉积日期 deposition_date	2009-03-11
结构标题 title	Crystal structure of the assembled cytolysin A pore
关键词 keywords	;CYTOLYTIC PROTEIN, PORE-FORMING TOXIN, TRANSMEMBRANE PORE, TOXIN, MEMBRANE, SECRETED, CYTOLYSIS, PERIPLASM, HEMOLYSIS, TRANSMEMBRANE, DISULFIDE BOND ;; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wcd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wcd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wcd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	80.76 Å
Rg（电子密度）	82.69 Å
总 Rg	81.60 Å
原子数	53832
残基数	6840
排除体积	970590 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wcd__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2wcd__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2wcd__assembly_3__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	2wcdA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdO00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdQ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdR00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdS00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdT00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdU00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdV00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdW00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2wcdX00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1170 — Hemolysin E; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	111.430 Å
晶胞边长 b length_b	114.410 Å
晶胞边长 c length_c	270.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	94.44 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	102.55 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.290 Å
最低分辨率 resolution_low	49.370 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2440

描述 description	HEMOLYSIN E, CHROMOSOMAL
分子量 formula_weight	34624.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X
原子数 atom_count	53832

Crystal structure of the assembled cytolysin A pore

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEMOLYSIN E, CHROMOSOMAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wcd__assembly_1__model_1

2wcd__assembly_1__model_1 | I(q)

2wcd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	ETHYL MERCURY ION
分子量 formula_weight	229.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

Crystal structure of the assembled cytolysin A pore

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEMOLYSIN E, CHROMOSOMAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wcd__assembly_1__model_1

2wcd__assembly_1__model_1 | I(q)

2wcd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)