2wd2

A chimeric microtubule disruptor with efficacy on a taxane resistant cell line

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 54.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CARBONIC ANHYDRASE 2

HOMO SAPIENS

UniProt P00918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–260 片段:RESIDUES 2-260 ZN ZINC ION × 2 MS5 7-methoxy-2-(3-methoxybenzyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-6-yl sulfamate × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;277 K;100 MM TRIS-HCL, 1 MM ZNSO4, 2.5 M AMMONIUM SULFATE; 30 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 0.5 MM 2-(3-METHOXYBENZYL)-6-O-SULFAMOYL-7-METHOXY-1,2,3,4- TETRAHYDROISOQUINOLINE, PH 8.0, VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K 分辨率 1.49 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1239 个其他 PDB 条目、1272 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAH2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–258; UniProt 2–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wd2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wd2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wd2
沉积日期 deposition_date2009-03-19
结构标题 titleA chimeric microtubule disruptor with efficacy on a taxane resistant cell line
关键词 keywordsDISEASE MUTATION, LYASE, CANCER, HUMAN CARBONIC ANHYDRASE INHIBITORS, METAL-BINDING; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.25
零角强度 I(0) i014719000.00
分子量 molecular_weight29199.0 kDa
排除体积 excluded_volume36634 ų
包络体积 envelope_volume40770 ų
水化壳体积 shell_volume19149 ų
包络直径 envelope_diameter61.4
壳层 Rg shell_rg24.08
包络 Rg envelope_rg17.65
形状 Rg shape_rg17.23
总 Rg total_rg18.35
总原子数 total_atoms2063
残基数 n_residues254
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax54.4
Rg (实空间) rg_real18.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.07
I(0) (实空间) i0_real1.4200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14720000.0000
解质量估计 total_estimate0.7062
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary23.8
偏度 Skewness skewness0.091
峰度 Kurtosis kurtosis-0.434
角度范围 angular_range— – 0.4300 −1
当前正则化参数 α current_alpha10.6300
最高正则化参数 α highest_alpha2561000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 0.915; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.612

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2wd2a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.74 — Carbonic anhydrase
超家族 Superfamily superfamilyb.74.1 — Carbonic anhydrase
家族 Family familyb.74.1.1 — Carbonic anhydrase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2wd2A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology200 — Carbonic Anhydrase II
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha carbonic anhydrase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)