SAXSdb — 2wfv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROBABLE INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 A CHAIN

DROSOPHILA MELANOGASTER

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 84–108 链 B； UniProt 24–46	片段：RESIDUES 84-108 突变：YES 片段：RESIDUES 24-46	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：20% PEG4000	分辨率 1.85 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2WFV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WFU Crystal structure of DILP5 variant DB 提交 2009-04-15	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 87–108（22 aa）片段：RESIDUES 87-108 链 B 24–47（24 aa）片段：RESIDUES 24-47	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% PEG4000	分辨率 1.85 Å R-free 0.256
6FEY Crystal structure of Drosophila neural ectodermal development factor Imp-L2 with Drosophila DILP5 insulin 提交 2018-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 84–108（25 aa）链 H 24–51（28 aa）链 I 84–108（25 aa）链 J 24–51（28 aa）	突变：K95N 突变：K95N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Cp 10 mg/ml, 8-10% w/v PEG 4k or 6K, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 6.8-7.5	分辨率 3.48 Å R-free 0.345
6FEY Crystal structure of Drosophila neural ectodermal development factor Imp-L2 with Drosophila DILP5 insulin 提交 2018-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 84–108（25 aa）链 F 24–51（28 aa）链 K 84–108（25 aa）链 L 24–51（28 aa）	突变：K95N 突变：K95N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Cp 10 mg/ml, 8-10% w/v PEG 4k or 6K, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 6.8-7.5	分辨率 3.48 Å R-free 0.345
8CLS Drosophila melanogaster insulin receptor ectodomain in complex with DILP5 提交 2023-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 84–108（25 aa）链 D 24–51（28 aa）链 E 84–108（25 aa）链 F 24–51（28 aa）链 G 84–108（25 aa）链 H 24–51（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9EF9 Cryo-EM structure of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with three DILP5, asymmetric conformation 提交 2024-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 84–108（25 aa）链 D 24–51（28 aa）链 E 84–108（25 aa）链 F 24–51（28 aa）链 G 84–108（25 aa）链 H 24–51（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INSL5_DROME
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–25； UniProt 84–108 作者链 B； PDB构建体 1–23； UniProt 24–46

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wfv
沉积日期 deposition_date	2009-04-15
结构标题 title	Crystal structure of DILP5 variant C4
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, CLEAVAGE ON PAIR OF BASIC RESIDUES; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	9.67 Å
零角强度 I(0) i0	762099.00
分子量 molecular_weight	4966.0 kDa
排除体积 excluded_volume	5937 Å³
包络体积 envelope_volume	6656 Å³
水化壳体积 shell_volume	6263 Å³
包络直径 envelope_diameter	33.1 Å
壳层 Rg shell_rg	14.60 Å
包络 Rg envelope_rg	10.09 Å
形状 Rg shape_rg	9.69 Å
总 Rg total_rg	11.02 Å
总原子数 total_atoms	340
残基数 n_residues	46
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	35.8 Å
Rg (实空间) rg_real	11.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6210e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1700e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	762100.0000
解质量估计 total_estimate	0.9009
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.185
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.327
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	67840.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROBABLE INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 A CHAIN
分子量 formula_weight	2795.1 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	378

DFRGVVDSCCRNSCSFSTLRAYCDS

来源 Source

来源生物 organism	DROSOPHILA MELANOGASTER
通用名 common_name	FRUIT FLY
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROBABLE INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 B CHAIN
分子量 formula_weight	2452.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NSLRACGPALMDMLRVACPNGFN

来源 Source

来源生物 organism	DROSOPHILA MELANOGASTER
通用名 common_name	FRUIT FLY
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.445 Å
晶胞边长 b length_b	40.445 Å
晶胞边长 c length_c	45.241 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	24.180 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2320

fit	/app/data/saxs_computation/wf/2wfv/2wfv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wf/2wfv/2wfv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wf/2wfv/2wfv.dat

Crystal structure of DILP5 variant C4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROBABLE INSULIN-LIKE PEPTIDE 5 A CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)