2wg1

TERNARY COMPLEX OF THE AGED CONJUGATE OF TORPEDO CALIFORNICA ACEYLCHOLINESTERASE WITH SOMAN AND 2-PAM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYLCHOLINESTERASE

物种未注明

UniProt P04058

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–558 片段:RESIDUES 22-558 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GB METHYLPHOSPHONIC ACID ESTER GROUP × 2 FP1 N-hydroxy-1-(1-methylpyridin-2(1H)-ylidene)methanamine × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 8 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 8 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.8;277 K;ACHE WAS CRYSTALLIZED IN 34% PEG200, 150 MM MES, PH 6, 4 DEG. C. THE CRYSTAL WAS SOAKED FOR 2 HOURS IN 1.3 MM SOMAN, AT PH 6, 4 DEG C. THEN FOR 22 HOURS IN 10 MM 2-PAM, AT PH 6, 4 DEG C.. THEN FLASH-COOLED IN LN2. 分辨率 2.20 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、125 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACES_TORCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–537; UniProt 22–558

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wg1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wg1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wg1
沉积日期 deposition_date2009-04-15
结构标题 titleTERNARY COMPLEX OF THE AGED CONJUGATE OF TORPEDO CALIFORNICA ACEYLCHOLINESTERASE WITH SOMAN AND 2-PAM
关键词 keywords;CELL MEMBRANE, DISULFIDE BOND, SERINE ESTERASE, 2-PAM, OXIME, SOMAN, AGING, SYNAPSE, MEMBRANE, NEUROTRANSMITTER DEGRADATION, ALPHA/BETA HYDROLASE, ALTERNATIVE SPLICING, REACTIVATOR, GLYCOPROTEIN, CELL JUNCTION, NEUROTRANSMITTER CLEAVAGE, CONFORMATIONAL FLEXIBILITY, HYDROLASE, GPI-ANCHOR, GPI- ANCHOR, LIPOPROTEIN, ORGANOPHOSPHATE, SYNAPSE MEMBRANE, ALZHEIMER DISEASE ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.21
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.91
零角强度 I(0) i064594100.00
分子量 molecular_weight63418.0 kDa
排除体积 excluded_volume79536 ų
包络体积 envelope_volume90035 ų
水化壳体积 shell_volume31318 ų
包络直径 envelope_diameter78.6
壳层 Rg shell_rg31.43
包络 Rg envelope_rg23.32
形状 Rg shape_rg22.84
总 Rg total_rg24.04
总原子数 total_atoms4461
残基数 n_residues532
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.7
Rg (实空间) rg_real24.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40
I(0) (实空间) i0_real6.4590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal64600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8837
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.7
偏度 Skewness skewness0.167
峰度 Kurtosis kurtosis-0.373
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20400000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2wg1a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2wg1A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)