2wg2

NON-AGED CONJUGATE OF TORPEDO CALIFORNICA ACETYLCHOLINESTERASE WITH SOMAN (ALTERNATIVE REFINEMENT)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 77.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYLCHOLINESTERASE

物种未注明

UniProt P04058

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–558 片段:RESIDUES 22-558 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GD8 (1R)-1,2,2-TRIMETHYLPROPYL (S)-METHYLPHOSPHINATE × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.8;277 K;ACHE WAS CRYSTALLIZED IN 34% PEG200, 150 MM MES, PH 6, 4 DEG. C. THE CRYSTAL WAS SOAKED FOR 6 MIN IN 1.3 MM SOMAN AT PH 8, 4 DEG C., THEN FLASH-COOLED IN LN2. 分辨率 1.95 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、125 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACES_TORCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–537; UniProt 22–558

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wg2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wg2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wg2
沉积日期 deposition_date2009-04-15
结构标题 titleNON-AGED CONJUGATE OF TORPEDO CALIFORNICA ACETYLCHOLINESTERASE WITH SOMAN (ALTERNATIVE REFINEMENT)
关键词 keywords;AGING, HYDROLASE, CELL MEMBRANE, NEUROTRANSMITTER DEGRADATION, SYNAPSE MEMBRANE, ALZHEIMER DISEASE, GPI-ANCHOR, GLYCOPROTEIN, CELL JUNCTION ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.84
零角强度 I(0) i062329700.00
分子量 molecular_weight62386.0 kDa
排除体积 excluded_volume78286 ų
包络体积 envelope_volume89791 ų
水化壳体积 shell_volume31247 ų
包络直径 envelope_diameter79.0
壳层 Rg shell_rg31.40
包络 Rg envelope_rg23.31
形状 Rg shape_rg22.78
总 Rg total_rg23.96
总原子数 total_atoms4395
残基数 n_residues532
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.4
Rg (实空间) rg_real24.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real6.2330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.6850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal62330000.0000
解质量估计 total_estimate0.8845
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.2
偏度 Skewness skewness0.156
峰度 Kurtosis kurtosis-0.400
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20310000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.931

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2wg2a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2wg2A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)