2wgm

Complete ion-coordination structure in the rotor ring of Na-dependent F-ATP synthase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT C, SODIUM ION SPECIFIC

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 11	SODIUM ION × 11 NONAN-1-OL × 11 water × 11	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 11	SODIUM ION × 11 NONAN-1-OL × 11 water × 11	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 11	SODIUM ION × 11 NONAN-1-OL × 11 water × 11	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 11	SODIUM ION × 11 NONAN-1-OL × 11 water × 11	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPL_ILYTA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 B； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 C； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 D； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 E； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 F； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 G； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 H； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 I； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 J； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 K； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 L； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 M； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 N； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 O； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 P； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 Q； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 R； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 S； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 T； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 U； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 V； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 a； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 b； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 c； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 d； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 e； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 f； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 g； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 h； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 i； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 j； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 k； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 l； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 m； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 n； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 o； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 p； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 q； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 r； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 s； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 t； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 u； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 v； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wgm
沉积日期 deposition_date	2009-04-21
结构标题 title	Complete ion-coordination structure in the rotor ring of Na-dependent F-ATP synthase
关键词 keywords	;F1FO-ATP SYNTHASE ROTOR, SODIUM-MOTIVE FORCE, CELL INNER MEMBRANE CF(0), TRANSPORT, LIPID-BINDING, ION COORDINATION AND SELECTIVITY, MEMBRANE PROTEIN, HYDROGEN ION TRANSPORT, TRANSMEMBRANE, C-RING STRUCTURE, SODIUM TRANSPORT, CELL MEMBRANE, ATP SYNTHESIS ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wgm__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wgm__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wgm__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.57 Å
Rg（电子密度）	27.59 Å
总 Rg	28.55 Å
原子数	6897
残基数	979
排除体积	127400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wgm__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2wgm__assembly_2__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2wgm__assembly_3__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2wgm__assembly_4__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP SYNTHASE SUBUNIT C, SODIUM ION SPECIFIC
分子量 formula_weight	8799.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v
原子数 atom_count	28001

MDMLFAKTVVLAASAVGAGTAMIAGIGPGVGQGYAAGKAVESVARQPEAKGDIISTMVLGQAVAESTGIYSLVIALILLYANPFVGLLG

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	44

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NONAN-1-OL
分子量 formula_weight	144.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	44

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	413

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 44 domains

CATH v4.4 (44 domains)

结构域编号 domain_id	2wgmA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmN01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmO01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmP01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmQ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmR01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmS01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmT01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmU01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmV01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgma01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmb01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmc01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmd01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgme01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmf01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmg01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmh01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmi01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmj01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmk01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgml01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmm01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmn01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmo01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmp01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmq01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmr01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgms01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmt01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmu01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	2wgmv01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

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晶胞边长 a length_a	146.690 Å
晶胞边长 b length_b	139.280 Å
晶胞边长 c length_c	151.910 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	88

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	39.678 Å
R 因子 r_factor	0.2215
R_work r_work	0.2203
R_free r_free	0.2451

Complete ion-coordination structure in the rotor ring of Na-dependent F-ATP synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT C, SODIUM ION SPECIFIC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wgm__assembly_3__model_1

2wgm__assembly_3__model_1 | I(q)

2wgm__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 44 domains

CATH v4.4 (44 domains)

7. 引用文献 (1)

Complete ion-coordination structure in the rotor ring of Na-dependent F-ATP synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT C, SODIUM ION SPECIFIC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wgm__assembly_3__model_1

2wgm__assembly_3__model_1 | I(q)

2wgm__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 44 domains

CATH v4.4 (44 domains)

7. 引用文献 (1)