2wgt

Structure of human adenovirus serotype 37 fibre head in complex with a sialic acid derivative, O-Methyl 5-N-propaonyl-3,5-dideoxy-D- glycero-a-D-galacto-2-nonulopyranosylonic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBER PROTEIN

HUMAN ADENOVIRUS 37

UniProt Q64823

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 177–365 链 B; UniProt 177–365 链 C; UniProt 177–365 片段:FIBRE HEAD, RESIDUES 177-365 18D 3,5-dideoxy-5-(propanoylamino)-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 3 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:25-27 % POLYETHYLENE GLYCOL 8000, 50 MM ZINC ACETATE, AND 100 MM HEPES PH 7.5 分辨率 1.80 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q64823_9ADEN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–194; UniProt 177–365 作者链 B; PDB构建体 6–194; UniProt 177–365 作者链 C; PDB构建体 6–194; UniProt 177–365

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wgt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wgt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wgt
沉积日期 deposition_date2009-04-27
结构标题 titleStructure of human adenovirus serotype 37 fibre head in complex with a sialic acid derivative, O-Methyl 5-N-propaonyl-3,5-dideoxy-D- glycero-a-D-galacto-2-nonulopyranosylonic acid
关键词 keywordsSIALIC ACID, VIRAL PROTEIN, CONJUNCTIVITIS, DAF, AD37, CD46, RECEPTOR, NEURAMINIC ACID; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.90
零角强度 I(0) i061609200.00
分子量 molecular_weight62926.0 kDa
排除体积 excluded_volume79388 ų
包络体积 envelope_volume90613 ų
水化壳体积 shell_volume31494 ų
包络直径 envelope_diameter74.0
壳层 Rg shell_rg31.23
包络 Rg envelope_rg23.13
形状 Rg shape_rg22.85
总 Rg total_rg23.98
总原子数 total_atoms4430
残基数 n_residues551
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.7
Rg (实空间) rg_real24.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28
I(0) (实空间) i0_real6.1610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.6290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal61610000.0000
解质量估计 total_estimate0.9079
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.9
偏度 Skewness skewness0.038
峰度 Kurtosis kurtosis-0.536
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11420000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.986

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2wgta_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamilyb.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family familyb.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain
结构域编号 domain_idd2wgtb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamilyb.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family familyb.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain
结构域编号 domain_idd2wgtc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamilyb.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family familyb.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2wgtA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain
结构域编号 domain_id2wgtB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain
结构域编号 domain_id2wgtC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)