2whq

Crystal structure of acetylcholinesterase, phosphonylated by sarin (aged) in complex with HI-6

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 133.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYLCHOLINESTERASE

MUS MUSCULUS

UniProt P21836

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 32–574 链 B; UniProt 32–574 片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 32-574 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 HI6 4-(AMINOCARBONYL)-1-[({2-[(E)-(HYDROXYIMINO)METHYL]PYRIDINIUM-1-YL}METHOXY)METHYL]PYRIDINIUM × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;26-30 % (V/V) PEG750MME 0.1 M HEPES PH 7.0 分辨率 2.15 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 97 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACES_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–543; UniProt 32–574 作者链 B; PDB构建体 1–543; UniProt 32–574

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2whq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2whq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2whq
沉积日期 deposition_date2009-05-06
结构标题 titleCrystal structure of acetylcholinesterase, phosphonylated by sarin (aged) in complex with HI-6
关键词 keywords;HI-6, SYNAPSE, MEMBRANE, SECRETED, HYDROLASE, NEUROTRANSMITTER DEGRADATION, CHOLINESTERASE, SERINE ESTERASE, ALTERNATIVE SPLICING, CELL JUNCTION, CELL MEMBRANE, DISULFIDE BOND, AGED SARIN, GPI-ANCHOR, LIPOPROTEIN, GLYCOPROTEIN ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.86
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.75
零角强度 I(0) i0210195000.00
分子量 molecular_weight119480.0 kDa
排除体积 excluded_volume150060 ų
包络体积 envelope_volume182340 ų
水化壳体积 shell_volume42034 ų
包络直径 envelope_diameter144.3
壳层 Rg shell_rg41.65
包络 Rg envelope_rg37.68
形状 Rg shape_rg37.72
总 Rg total_rg38.08
总原子数 total_atoms8445
残基数 n_residues1067
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.4
Rg (实空间) rg_real38.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.39
I(0) (实空间) i0_real2.1020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal210100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7941
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.9
偏度 Skewness skewness0.514
峰度 Kurtosis kurtosis-0.486
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha58410000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.551; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.777; Smooth: 0.888

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2whqa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like
结构域编号 domain_idd2whqb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like
结构域编号 domain_idd2whqb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2whqA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id2whqB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)