SAXSdb — 2wjp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE

ESCHERICHIA COLI DH5[ALPHA]

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	N-({3-[({4-[(Z)-(4-oxo-2-thioxo-1,3-thiazolidin-5-ylidene)methyl]phenyl}amino)methyl]phenyl}carbonyl)-L-glutamic acid × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 AZIDE ION × 5 SULFATE ION × 5 CHLORIDE ION × 6 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MURD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–437； UniProt 2–438

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wjp
沉积日期 deposition_date	2009-05-28
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF MURD LIGASE IN COMPLEX WITH D-GLU CONTAINING RHODANINE INHIBITOR
关键词 keywords	PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS, CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION, CELL CYCLE, CELL DIVISION, LIGASE, CELL SHAPE SYNTHESIS; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wjp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wjp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wjp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.81 Å
Rg（电子密度）	22.69 Å
总 Rg	23.50 Å
原子数	3362
残基数	434
排除体积	59367 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wjp__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE
分子量 formula_weight	47157.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3996

ADYQGKNVVIIGLGLTGLSCVDFFLARGVTPRVMDTRMTPPGLDKLPEAVERHTGSLNDEWLMAADLIVASPGIALAHPSLSAAADAGIEIVGDIELFCREAQAPIVAITGSNGKSTVTTLVGEMAKAAGVNVGVGGNIGLPALMLLDDECELYVLELSSFQLETTSSLQAVAATILNVTEDHMDRYPFGLQQYRAAKLRIYENAKVCVVNADDALTMPIRGADERCVSFGVNMGDYHLNHQQGETWLRVKGEKVLNVKEMKLSGQHNYTNALAALALADAAGLPRASSLKALTTFTGLPHRFEVVLEHNGVRWINDSKATNVGSTEAALNGLHVDGTLHLLLGGDGKSADFSPLARYLNGDNVRLYCFGRDGAQLAALRPEVAEQTETMEQAMRLLAPRVQPGDMVLLSPACASLDQFKNFEQRGNEFARLAKELGSH

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI DH5[ALPHA]
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	668369
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI DH5[ALPHA]

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-({3-[({4-[(Z)-(4-oxo-2-thioxo-1,3-thiazolidin-5-ylidene)methyl]phenyl}amino)methyl]phenyl}carbonyl)-L-glutamic acid
分子量 formula_weight	499.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	AZIDE ION
分子量 formula_weight	42.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	537

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2wjpa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.5 — MurCD N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.5.1 — MurCD N-terminal domain
家族 Family family	c.5.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wjpa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.2 — MurD-like peptide ligases, catalytic domain
家族 Family family	c.72.2.1 — MurCDEF

结构域编号 domain_id	d2wjpa3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.59 — MurD-like peptide ligases, peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.59.1 — MurD-like peptide ligases, peptide-binding domain
家族 Family family	c.59.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wjpa4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2wjpA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2wjpA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mur-like, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2wjpA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Mur ligase, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	65.917 Å
晶胞边长 b length_b	65.917 Å
晶胞边长 c length_c	136.063 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	46.630 Å
R 因子 r_factor	0.1670
R_work r_work	0.1660
R_free r_free	0.1890

CRYSTAL STRUCTURE OF MURD LIGASE IN COMPLEX WITH D-GLU CONTAINING RHODANINE INHIBITOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wjp__assembly_1__model_1

2wjp__assembly_1__model_1 | I(q)

2wjp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF MURD LIGASE IN COMPLEX WITH D-GLU CONTAINING RHODANINE INHIBITOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wjp__assembly_1__model_1

2wjp__assembly_1__model_1 | I(q)

2wjp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)