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2wks

Structure of Helicobacter pylori Type II Dehydroquinase with a new carbasugar-thiophene inhibitor.

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE

HELICOBACTER PYLORI

UniProt Q48255

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 12 (1R,4S,5R)-1,4,5-trihydroxy-3-[(5-methyl-1-benzothiophen-2-yl)methoxy]cyclohex-2-ene-1-carboxylic acid × 12 water × 12 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
2c4v 2c4w

共 2 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1j2y 2c57 2wks 2xb9 2xd9 2xda 4b6r 4b6s

共 8 个 assembly

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AROQ_HELPY
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167 作者链 B； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167 作者链 C； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167 作者链 D； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167 作者链 E； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167 作者链 F； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wks
沉积日期 deposition_date2009-06-17
结构标题 titleStructure of Helicobacter pylori Type II Dehydroquinase with a new carbasugar-thiophene inhibitor.
关键词 keywordsAROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS, LYASE, SHIKIMIC ACID PATHWAY, 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wks__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wks__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wks__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）37.31 Å
Rg（电子密度）36.27 Å
总 Rg36.93 Å
原子数14472
残基数1836
排除体积260150 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2wks__assembly_1__model_1 dodecameric （12） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2wksa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family familyc.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
结构域编号 domain_idd2wksb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family familyc.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
结构域编号 domain_idd2wksc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family familyc.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
结构域编号 domain_idd2wksd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family familyc.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
结构域编号 domain_idd2wkse_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family familyc.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
结构域编号 domain_idd2wksf_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.13 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase
家族 Family familyc.23.13.1 — Type II 3-dehydroquinate dehydratase

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2wksA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily9100 — Dehydroquinase, class II
结构域编号 domain_id2wksB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily9100 — Dehydroquinase, class II
结构域编号 domain_id2wksC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily9100 — Dehydroquinase, class II
结构域编号 domain_id2wksD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily9100 — Dehydroquinase, class II
结构域编号 domain_id2wksE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily9100 — Dehydroquinase, class II
结构域编号 domain_id2wksF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily9100 — Dehydroquinase, class II
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7. 引用文献 (3)