2wn2

Structure of the discoidin I from Dictyostelium discoideum in complex with galactose beta 1-3 galNAc at 1.8 A resolution.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DISCOIDIN-1 SUBUNIT A

DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 3	beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 3 CALCIUM ION × 3 SULFATE ION × 1 GLYCEROL × 8 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DIS1A_DICDI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–254； UniProt 1–253 作者链 B； PDB构建体 2–254； UniProt 1–253 作者链 C； PDB构建体 2–254； UniProt 1–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wn2
沉积日期 deposition_date	2009-07-07
结构标题 title	Structure of the discoidin I from Dictyostelium discoideum in complex with galactose beta 1-3 galNAc at 1.8 A resolution.
关键词 keywords	TYPE-H LECTIN, CELL ADHESION, DISCOIDIN DOMAIN, LECTIN; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wn2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wn2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wn2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.06 Å
Rg（电子密度）	30.18 Å
总 Rg	30.71 Å
原子数	6118
残基数	759
排除体积	107620 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wn2__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DISCOIDIN-1 SUBUNIT A
分子量 formula_weight	28354.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7294

AMSTQGLVQLLANAQCHLRTSTNYNGVHTQFNSALNYKNNGTNTIDGSEAWCSSIVDTNQYIVAGCEVPRTFMCVALQGRGDADQWVTSYKIRYSLDNVSWFEYRNGAAVTGVTDRNTVVNHFFDTPIRARSIAIHPLTWNGHISLRCEFYTQPVQSSVTQVGADIYTGDNCALNTGSGKREVVVPVKFQFEFATLPKVALNFDQIDCTDATNQTRIGVQPRNITTKGFDCVFYTWNENKVYSLRADYIATALE

来源 Source

来源生物 organism	DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM
通用名 common_name	SLIME MOLD
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	366501
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	383.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL
分子量 formula_weight	252.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1080

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2wn2A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	2wn2A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2080 —

结构域编号 domain_id	2wn2B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	2wn2B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2080 —

结构域编号 domain_id	2wn2C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	2wn2C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2080 —

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晶胞边长 a length_a	72.470 Å
晶胞边长 b length_b	273.700 Å
晶胞边长 c length_c	85.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.820 Å
最低分辨率 resolution_low	47.330 Å
R 因子 r_factor	0.1430
R_work r_work	0.1410
R_free r_free	0.1800

Structure of the discoidin I from Dictyostelium discoideum in complex with galactose beta 1-3 galNAc at 1.8 A resolution.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DISCOIDIN-1 SUBUNIT A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wn2__assembly_1__model_1

2wn2__assembly_1__model_1 | I(q)

2wn2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the discoidin I from Dictyostelium discoideum in complex with galactose beta 1-3 galNAc at 1.8 A resolution.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DISCOIDIN-1 SUBUNIT A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wn2__assembly_1__model_1

2wn2__assembly_1__model_1 | I(q)

2wn2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)