2wnr

The structure of Methanothermobacter thermautotrophicus exosome core assembly

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1 × 3 （O26779） PHOSPHATE ION × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ECX2_METTH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271 作者链 C； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271 作者链 E； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271

PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS

UniProt O26779

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2 × 3 （O26778） PHOSPHATE ION × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ECX1_METTH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240 作者链 D； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240 作者链 F； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wnr
沉积日期 deposition_date	2009-07-19
结构标题 title	The structure of Methanothermobacter thermautotrophicus exosome core assembly
关键词 keywords	;PHOSPHATE BINDING, 3'-5' EXORIBONUCLEASE, EXOSOME, NUCLEASE, HYDROLASE, EXONUCLEASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wnr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wnr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wnr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.36 Å
Rg（电子密度）	34.40 Å
总 Rg	35.03 Å
原子数	10925
残基数	1418
排除体积	195260 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wnr__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
分子量 formula_weight	29924.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	11066

MVNKMDIIPEITRKSITDLINNKERIDGRSLHEFRDISIETGVISKAEGSSRVKLGNTQIIVGVKPQIGEPFPDTPEMGVILTNSELLPMASPTFEPGPPDERSVELSRVVDRCIRESRMIDLEKLCIIEGSKVWMLFLDLHIIDYDGNLFDAAVLATVAALLDTRIPAAEVEDGEVVINREKMQPLPVNRKALMCTFAKIGNEIVLDPSLEEEDILTARISIGVTEEGSICAMQKGGEGPLTRDDVLKAVSIAVEKVPQLIEYLDKSMTP

来源 Source

来源生物 organism	METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	145262
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
分子量 formula_weight	26560.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MITIITQDQLKTSPSVREDGRAFDELRPLKIEAGILERADGSSYLEFGGNKILVAVYGPREAQIRKLQRPDRAVIRCRYNMAPFSVEERKRPGPDRRSVEISKITAEALRPALILEKFPRSVIDVFIEVLEAEGGTRCAGITAASVALADAGIPMRDMVVACAAGKVGDQVVLDLSEEEDKEGQADVPVAILPRTREITLLQSDGNLTPEEFERALDLAVEGCLRIHEVQKEALRKRYGE

来源 Source

来源生物 organism	METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	145262
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	125

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2wnra1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wnra2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wnrb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wnrb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wnrc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wnrc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wnrd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wnrd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wnre1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wnre2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wnrf1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wnrf2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2wnrA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wnrB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wnrC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wnrD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wnrE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wnrF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	89.261 Å
晶胞边长 b length_b	118.233 Å
晶胞边长 c length_c	154.708 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	24.860 Å
R 因子 r_factor	0.2122
R_work r_work	0.2114
R_free r_free	0.2508

The structure of Methanothermobacter thermautotrophicus exosome core assembly

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wnr__assembly_1__model_1

2wnr__assembly_1__model_1 | I(q)

2wnr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of Methanothermobacter thermautotrophicus exosome core assembly

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wnr__assembly_1__model_1

2wnr__assembly_1__model_1 | I(q)

2wnr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)