SAXSdb — 2wod

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE

RHODOSPIRILLUM RUBRUM

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	MANGANESE (II) ION × 1 ;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [[(2R,3R)-2,3-DIHYDROXY-4-OXO-PENTOXY]-OXIDO-PHOSPHORYL] PHOSPHATE ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	MANGANESE (II) ION × 1 ;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [[(2R,3R)-2,3-DIHYDROXY-4-OXO-PENTOXY]-OXIDO-PHOSPHORYL] PHOSPHATE ; × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DRAG_RHORU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–299； UniProt 1–294 作者链 B； PDB构建体 6–299； UniProt 1–294

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wod
沉积日期 deposition_date	2009-07-23
结构标题 title	Crystal Structure of the dinitrogenase reductase-activating glycohydrolase (DRAG) from Rhodospirillum rubrum in complex with ADP- ribsoyllysine
关键词 keywords	HYDROLASE, NITROGEN FIXATION, DIMANGANESE-DEPENDENT, ADP-RIBOSYLGLYCOHYDROLASE, MONO-ADP-RIBOSYLHYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wod__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wod__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wod__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.42 Å
Rg（电子密度）	17.34 Å
总 Rg	18.23 Å
原子数	2253
残基数	291
排除体积	39745 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wod__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2wod__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE
分子量 formula_weight	32244.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4754

GPLGSMTGPSVHDRALGAFLGLAVGDALGATVEFMTKGEIAQQYGIHRKMTGGGWLRLKPGQITDDTEMSLALGRSLAAKGTLDVADICEEFALWLKSRPVDVGNTCRRGIRRYMHEGTTTAPYSEGDAGNGAAMRCLPAALATLGHPADLEPWVLAQARITHNHPLSDAACLTLGRMVHHLIGGRGMKACREEANRLVHQHRDFHFEPYKGQSSAYIVDTMQTVLHYYFVTDTFKSCLIQTVNQGGDADTTGALAGMLAGATYGVDDIPSGWLSKLDMKVEREIRRQVDALLALAGLD

来源 Source

来源生物 organism	RHODOSPIRILLUM RUBRUM
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1085
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [[(2R,3R)-2,3-DIHYDROXY-4-OXO-PENTOXY]-OXIDO-PHOSPHORYL] PHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	541.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	249

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2woda_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.209 — ADP-ribosylglycohydrolase
超家族 Superfamily superfamily	a.209.1 — ADP-ribosylglycohydrolase
家族 Family family	a.209.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wodb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.209 — ADP-ribosylglycohydrolase
超家族 Superfamily superfamily	a.209.1 — ADP-ribosylglycohydrolase
家族 Family family	a.209.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2wodA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4080 — ADP-ribosylglycohydrolase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ADP-ribosylation/Crystallin J1

结构域编号 domain_id	2wodB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4080 — ADP-ribosylglycohydrolase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ADP-ribosylation/Crystallin J1

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晶胞边长 a length_a	77.306 Å
晶胞边长 b length_b	77.306 Å
晶胞边长 c length_c	245.593 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	34.920 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2420

Crystal Structure of the dinitrogenase reductase-activating glycohydrolase (DRAG) from Rhodospirillum rubrum in complex with ADP- ribsoyllysine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wod__assembly_2__model_1

2wod__assembly_2__model_1 | I(q)

2wod__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the dinitrogenase reductase-activating glycohydrolase (DRAG) from Rhodospirillum rubrum in complex with ADP- ribsoyllysine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wod__assembly_2__model_1

2wod__assembly_2__model_1 | I(q)

2wod__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)