SAXSdb — 2wp0

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOBA

HELICOBACTER PYLORI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA × 4 （O26057） CHLORIDE ION × 12 GLYCEROL × 4 SODIUM ION × 22 ACETATE ION × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O25828_HELPY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 B； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180

CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA

HELICOBACTER PYLORI

UniProt O26057

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	HOBA × 4 （O25828） CHLORIDE ION × 12 GLYCEROL × 4 SODIUM ION × 22 ACETATE ION × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNAA_HELPY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 D； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wp0
沉积日期 deposition_date	2009-07-31
结构标题 title	Crystal structure of a HobA-DnaA (domain I-II) complex from Helicobacter pylori.
关键词 keywords	DNA BINDING PROTEIN, NUCLEOTIDE-BINDING, DNA REPLICATION INITIATION, DIAA, HOBA, DNAA, ATP-BINDING; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wp0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wp0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wp0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.38 Å
Rg（电子密度）	33.33 Å
总 Rg	33.98 Å
原子数	8744
残基数	1064
排除体积	158760 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wp0__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HOBA
分子量 formula_weight	21039.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4479

MKNFYDWIKEFIRDQGEFIAQQSGWLELERSSYAKLIAQTISHVLNGGSLLVSADSSRHWFLNYILSNLNPKDLKERPLLSVIDFNASSFYPKNDANLSLATIEMTYQNPMFWHVGKIENEGLKTILLSKIPSFLWLFEELKEDCLLLKEHDSLLDYKLLQLFKLFENALFSVLYNKVTL

来源 Source

来源生物 organism	HELICOBACTER PYLORI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA
分子量 formula_weight	12632.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MDTNNNIEKEILALVKQNPKVSLIEYENYFSQLKYNPNASKSDIAFFYAPNQVLCTTITAKYGALLKEILSQNKVGMHLAHSVDVRIEVAPKIQINAQSNINYKAIKTSVKD

来源 Source

来源生物 organism	HELICOBACTER PYLORI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	107

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2wp0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11670 — DNA replication regulator HobA

结构域编号 domain_id	2wp0B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11670 — DNA replication regulator HobA

结构域编号 domain_id	2wp0C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — DnaA, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wp0D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — DnaA, N-terminal domain

▶

晶胞边长 a length_a	126.560 Å
晶胞边长 b length_b	55.500 Å
晶胞边长 c length_c	96.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.670 Å
最低分辨率 resolution_low	50.756 Å
R 因子 r_factor	0.2283
R_work r_work	0.2262
R_free r_free	0.2663

Crystal structure of a HobA-DnaA (domain I-II) complex from Helicobacter pylori.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOBA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wp0__assembly_1__model_1

2wp0__assembly_1__model_1 | I(q)

2wp0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a HobA-DnaA (domain I-II) complex from Helicobacter pylori.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOBA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wp0__assembly_1__model_1

2wp0__assembly_1__model_1 | I(q)

2wp0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)