SAXSdb — 2wp1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BROMODOMAIN TESTIS-SPECIFIC PROTEIN

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 257–382	片段：BROMODOMAIN 2, RESIDUES 257-382	HISTONE H3 × 1 （B9EI85）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；BRDT BD2 PROTEIN AT 25 MG/ML WAS MIXED WITH H3-ACK18 PEPTIDE IN A 1:5 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD USING 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 257–382	片段：BROMODOMAIN 2, RESIDUES 257-382	HISTONE H3 × 1 （B9EI85）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；BRDT BD2 PROTEIN AT 25 MG/ML WAS MIXED WITH H3-ACK18 PEPTIDE IN A 1:5 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD USING 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2WP1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WP2 Structure of Brdt bromodomain BD1 bound to a diacetylated histone H4 peptide. 提交 2009-08-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–136（120 aa）片段：BROMODOMAIN 1, RESIDUES 17-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；15 MG/ML BRDT-BD1 PROTEIN WAS MIXED WITH H4-ACK5/K8 PEPTIDE IN A 1:20 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD FROM 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.	分辨率 2.37 Å R-free 0.261
2WP2 Structure of Brdt bromodomain BD1 bound to a diacetylated histone H4 peptide. 提交 2009-08-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 17–136（120 aa）片段：BROMODOMAIN 1, RESIDUES 17-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；15 MG/ML BRDT-BD1 PROTEIN WAS MIXED WITH H4-ACK5/K8 PEPTIDE IN A 1:20 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD FROM 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.	分辨率 2.37 Å R-free 0.261

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRDT_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–126； UniProt 257–382 作者链 B； PDB构建体 1–126； UniProt 257–382

HISTONE H3

物种未注明

UniProt B9EI85

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 15–24	片段：ACETYLATED H3 PEPTIDE, RESIDUES 15-24 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BROMODOMAIN TESTIS-SPECIFIC PROTEIN × 1 （Q91Y44）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；BRDT BD2 PROTEIN AT 25 MG/ML WAS MIXED WITH H3-ACK18 PEPTIDE IN A 1:5 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD USING 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 Q； UniProt 15–24	片段：ACETYLATED H3 PEPTIDE, RESIDUES 15-24 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BROMODOMAIN TESTIS-SPECIFIC PROTEIN × 1 （Q91Y44）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；BRDT BD2 PROTEIN AT 25 MG/ML WAS MIXED WITH H3-ACK18 PEPTIDE IN A 1:5 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD USING 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B9EI85_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–10； UniProt 15–24 作者链 Q； PDB构建体 1–10； UniProt 15–24

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wp1
沉积日期 deposition_date	2009-08-02
结构标题 title	Structure of Brdt bromodomain 2 bound to an acetylated histone H3 peptide
关键词 keywords	;TRANSCRIPTION PEPTIDE COMPLEX, TRANSCRIPTION REGULATION, ACETYLLYSINE BRDT, NUCLEUS, COILED COIL, CHROMOSOMAL PROTEIN, NUCLEOSOME, TRANSCRIPTION-PEPTIDE complex ;; TRANSCRIPTION/PEPTIDE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.58 Å
零角强度 I(0) i0	14420200.00
分子量 molecular_weight	28942.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36389 Å³
包络体积 envelope_volume	42529 Å³
水化壳体积 shell_volume	18992 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.9 Å
壳层 Rg shell_rg	24.99 Å
包络 Rg envelope_rg	19.04 Å
形状 Rg shape_rg	18.59 Å
总 Rg total_rg	19.53 Å
总原子数 total_atoms	2036
残基数 n_residues	253
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.8 Å
Rg (实空间) rg_real	19.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8867
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.190
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.374
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4598000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.923

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BROMODOMAIN TESTIS-SPECIFIC PROTEIN
分子量 formula_weight	14753.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2247

QQQHKVLKTVKVTEQLKHCSEILKEMLAKKHLPYAWPFYNPVDADALGLHNYYDVVKNPMDLGTIKGKMDNQEYKDAYEFAADVRLMFMNCYKYNPPDHEVVAMARTLQDVFELHFAKIPDEPIES

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HISTONE H3
分子量 formula_weight	1185.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

KAPRKQLATK

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	211

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2wp1A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	2wp1B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.300 Å
晶胞边长 b length_b	101.300 Å
晶胞边长 c length_c	79.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2550

fit	/app/data/saxs_computation/wp/2wp1/2wp1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wp/2wp1/2wp1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wp/2wp1/2wp1.dat

Structure of Brdt bromodomain 2 bound to an acetylated histone H3 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BROMODOMAIN TESTIS-SPECIFIC PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HISTONE H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)