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2wrz

Crystal structure of an arabinose binding protein with designed serotonin binding site in open, ligand-free state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.0 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-ARABINOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN

ESCHERICHIA COLI

UniProt P02924

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 24–329 突变：YES 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；20% PEG 3350, 0.2M (NH4)CITRATE, 2UMOL/ML SEROTONIN, pH 8.0 分辨率 2.20 Å R-free 0.272
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 24–329 突变：YES 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；20% PEG 3350, 0.2M (NH4)CITRATE, 2UMOL/ML SEROTONIN, pH 8.0 分辨率 2.20 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2WRZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ABE NOVEL STEREOSPECIFICITY OF THE L-ARABINOSE-BINDING PROTEIN 提交 1992-04-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–329（306 aa）
未记录 ARA alpha-L-arabinopyranose × 1 ARB beta-L-arabinopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1ABF SUBSTRATE SPECIFICITY AND AFFINITY OF A PROTEIN MODULATED BY BOUND WATER MOLECULES 提交 1992-04-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–329（306 aa）
未记录 FCA alpha-D-fucopyranose × 1 FCB beta-D-fucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
1APB A PRO TO GLY MUTATION IN THE HINGE OF THE ARABINOSE-BINDING PROTEIN ENHANCES BINDING AND ALTERS SPECIFICITY: SUGAR-BINDING AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES 提交 1991-11-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–329（306 aa）
未记录 FCA alpha-D-fucopyranose × 1 FCB beta-D-fucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.76 Å
1BAP A PRO TO GLY MUTATION IN THE HINGE OF THE ARABINOSE-BINDING PROTEIN ENHANCES BINDING AND ALTERS SPECIFICITY: SUGAR-BINDING AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES 提交 1991-11-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–329（306 aa）
未记录 ARA alpha-L-arabinopyranose × 1 ARB beta-L-arabinopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.75 Å
5ABP SUBSTRATE SPECIFICITY AND AFFINITY OF A PROTEIN MODULATED BY BOUND WATER MOLECULES 提交 1990-12-26 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–329（306 aa）
未记录 GLA alpha-D-galactopyranose × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
6ABP SUGAR-BINDING AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF AN ARABINOSE-BINDING PROTEIN MUTANT (MET108LEU) WHICH EXHIBITS ENHANCED AFFINITY AND ALTERED SPECIFICITY 提交 1991-04-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–329（306 aa）
未记录 ARA alpha-L-arabinopyranose × 1 ARB beta-L-arabinopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.67 Å
7ABP SUGAR-BINDING AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF AN ARABINOSE-BINDING PROTEIN MUTANT (MET108LEU) WHICH EXHIBITS ENHANCED AFFINITY AND ALTERED SPECIFICITY 提交 1991-04-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–329（306 aa）
未记录 FCA alpha-D-fucopyranose × 1 FCB beta-D-fucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.67 Å
8ABP SUGAR-BINDING AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF AN ARABINOSE-BINDING PROTEIN MUTANT (MET108LEU) WHICH EXHIBITS ENHANCED AFFINITY AND ALTERED SPECIFICITY 提交 1991-04-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–329（306 aa）
未记录 GLA alpha-D-galactopyranose × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.49 Å
9ABP A PRO TO GLY MUTATION IN THE HINGE OF THE ARABINOSE-BINDING PROTEIN ENHANCES BINDING AND ALTERS SPECIFICITY: SUGAR-BINDING AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES 提交 1991-11-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–329（306 aa）
未记录 GLA alpha-D-galactopyranose × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.97 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARAF_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–306； UniProt 24–329 作者链 B； PDB构建体 1–306； UniProt 24–329

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wrz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wrz
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wrz
沉积日期 deposition_date2009-09-03
结构标题 titleCrystal structure of an arabinose binding protein with designed serotonin binding site in open, ligand-free state
关键词 keywordsSUGAR TRANSPORT, ARABINOSE BINDING PROTEIN, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, ABP, TRANSPORT PROTEIN, PERIPLASM, RECEPTOR DESIGN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.61 Å
零角强度 I(0) i065701600.00
分子量 molecular_weight63538.0 kDa
排除体积 excluded_volume79769 ų
包络体积 envelope_volume99722 ų
水化壳体积 shell_volume31179 ų
包络直径 envelope_diameter83.4 Å
壳层 Rg shell_rg33.88 Å
包络 Rg envelope_rg26.12 Å
形状 Rg shape_rg26.61 Å
总 Rg total_rg27.38 Å
总原子数 total_atoms4470
残基数 n_residues595
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.0 Å
Rg (实空间) rg_real27.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real6.5700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.7590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal65700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9140
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.7 Å
偏度 Skewness skewness0.018
峰度 Kurtosis kurtosis-0.689
角度范围 angular_range— – 0.2850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27990000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.977; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.951
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2wrzA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id2wrzA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id2wrzB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id2wrzB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)