2wtz

MurE ligase of Mycobacterium Tuberculosis

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE-D-GLUTAMATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE-D-GLUTAMATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE-D-GLUTAMATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE-D-GLUTAMATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MURE_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–535； UniProt 1–535 作者链 B； PDB构建体 1–535； UniProt 1–535 作者链 C； PDB构建体 1–535； UniProt 1–535 作者链 D； PDB构建体 1–535； UniProt 1–535

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wtz
沉积日期 deposition_date	2009-09-25
结构标题 title	MurE ligase of Mycobacterium Tuberculosis
关键词 keywords	;NUCLEOTIDE-BINDING, PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS, MURE, LIGASE, CELL SHAPE, CELL CYCLE, MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION, ATP-BINDING, PEPTIDOGLYCAN, CELL DIVISION ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wtz__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wtz__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wtz__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.55 Å
Rg（电子密度）	23.69 Å
总 Rg	24.38 Å
原子数	3425
残基数	467
排除体积	60368 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wtz__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2wtz__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2wtz__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2wtz__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE
分子量 formula_weight	55454.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14008

MSSLARGISRRRTEVATQVEAAPTGLRPNAVVGVRLAALADQVGAALAEGPAQRAVTEDRTVTGVTLRAQDVSPGDLFAALTGSTTHGARHVGDAIARGAVAVLTDPAGVAEIAGRAAVPVLVHPAPRGVLGGLAATVYGHPSERLTVIGITGTSGKTTTTYLVEAGLRAAGRVAGLIGTIGIRVGGADLPSALTTPEAPTLQAMLAAMVERGVDTVVMEVSSHALALGRVDGTRFAVGAFTNLSRDHLDFHPSMADYFEAKASLFDPDSALRARTAVVCIDDDAGRAMAARAADAITVSAADRPAHWRATDVAPTDAGGQQFTAIDPAGVGHHIGIRLPGRYNVANCLVALAILDTVGVSPEQAVPGLREIRVPGRLEQIDRGQGFLALVDYAHKPEALRSVLTTLAHPDRRLAVVFGAGGDRDPGKRAPMGRIAAQLADLVVVTDDNPRDEDPTAIRREILAGAAEVGGDAQVVEIADRRDAIRHAVAWARPGDVVLIAGKGHETGQRGGGRVRPFDDRVELAAALEALERRA

来源 Source

来源生物 organism	MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE-D-GLUTAMATE
分子量 formula_weight	879.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2wtzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MurE/MurF, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wtzA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mur-like, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2wtzA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Mur ligase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wtzB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MurE/MurF, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wtzB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mur-like, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2wtzB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Mur ligase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wtzC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MurE/MurF, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wtzC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mur-like, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2wtzC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Mur ligase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wtzD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MurE/MurF, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2wtzD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mur-like, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2wtzD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Mur ligase, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	76.920 Å
晶胞边长 b length_b	79.800 Å
晶胞边长 c length_c	82.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	111.09 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	93.98 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	74.160 Å
R 因子 r_factor	0.1955
R_work r_work	0.1926
R_free r_free	0.2511

MurE ligase of Mycobacterium Tuberculosis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wtz__assembly_4__model_1

2wtz__assembly_4__model_1 | I(q)

2wtz__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

MurE ligase of Mycobacterium Tuberculosis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wtz__assembly_4__model_1

2wtz__assembly_4__model_1 | I(q)

2wtz__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)