2ww1

Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 in complex with Thiomannobioside

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl 2-thio-alpha-D-mannopyranoside × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl 2-thio-alpha-D-mannopyranoside × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl 2-thio-alpha-D-mannopyranoside × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl 2-thio-alpha-D-mannopyranoside × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8A0N1_BACTN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755 作者链 B； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755 作者链 C； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755 作者链 D； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ww1
沉积日期 deposition_date	2009-10-21
结构标题 title	Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 in complex with Thiomannobioside
关键词 keywords	HYDROLASE, GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 92, GH92, BT3990; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ww1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ww1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ww1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.12 Å
Rg（电子密度）	26.34 Å
总 Rg	27.19 Å
原子数	5990
残基数	737
排除体积	105820 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ww1__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ww1__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2ww1__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2ww1__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
分子量 formula_weight	85690.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	25408

KDWTQYVNPLMGSQSTFELSTGNTYPAIARPWGMNFWTPQTGKMGDGWQYTYTANKIRGFKQTHQPSPWINDYGQFSIMPIVGQPVFDEEKRASWFAHKGEVATPYYYKVYLAEHDIVTEMTPTERAVLFRFTFPENDHSYVVVDAFDKGSYIKIIPEENKIIGYTTRNSGGVPENFKNYFIIEFDKPFTYKATVENGNLQENVAEQTTDHAGAIIGFKTRKGEQVNARIASSFISFEQAAANMNELGKDNIEQLAQKGKDAWNQVLGKIEVEGGNLDQYRTFYSCLYRSLLFPRKFYELDANGQPIHYSPYNGQVLPGYMFTDTGFWDTFRCLFPLLNLMYPSVNKEMQEGLINTYLESGFFPEWASPGHRGCMVGNNSASILVDAYMKGVKVDDIKTLYEGLIHGTENVHPEVSSTGRLGYEYYNKLGYVPYDVKINENAARTLEYAYDDWCIYRLAKELKRPKKEISLFAKRAMNYKNLFDKESKLMRGRNEDGTFQSPFSPLKWGDAFTEGNSWHYTWSVFHDPQGLIDLMGGKEMFVTMMDSVFAVPPIFDDSYYGQVIHEIREMTVMNMGNYAHGNQPIQHMIYLYDYAGQPWKAQYWLRQVMDRMYTPGPDGYCGDEDNGQTSAWYVFSALGFYPVCPGTDEYVMGTPLFKKATLHFENGNSLVIDAPNNSTENFYIDSMSFNGADHTKNYLRHEDLFKGGTIKVDMSNRPNLNRGTKEEDMPYSFSKELEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	226186
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl 2-thio-alpha-D-mannopyranoside
分子量 formula_weight	372.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1360

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	2ww1A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ww1A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GH92 mannosidase domain

结构域编号 domain_id	2ww1A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — alpha-1,2-mannosidase

结构域编号 domain_id	2ww1A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — alpha-1,2-mannosidases domains

结构域编号 domain_id	2ww1B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ww1B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GH92 mannosidase domain

结构域编号 domain_id	2ww1B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — alpha-1,2-mannosidase

结构域编号 domain_id	2ww1B04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — alpha-1,2-mannosidases domains

结构域编号 domain_id	2ww1C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ww1C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GH92 mannosidase domain

结构域编号 domain_id	2ww1C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — alpha-1,2-mannosidase

结构域编号 domain_id	2ww1C04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — alpha-1,2-mannosidases domains

结构域编号 domain_id	2ww1D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ww1D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GH92 mannosidase domain

结构域编号 domain_id	2ww1D03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — alpha-1,2-mannosidase

结构域编号 domain_id	2ww1D04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — alpha-1,2-mannosidases domains

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晶胞边长 a length_a	66.240 Å
晶胞边长 b length_b	153.110 Å
晶胞边长 c length_c	185.210 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	185.160 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1875
R_free r_free	0.2182

Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 in complex with Thiomannobioside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ww1__assembly_1__model_1

2ww1__assembly_1__model_1 | I(q)

2ww1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 in complex with Thiomannobioside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ww1__assembly_1__model_1

2ww1__assembly_1__model_1 | I(q)

2ww1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)