SAXSdb — 2wxo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT DELTA ISOFORM

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	N-(3-{[(1Z)-3,5-DIMETHOXYCYCLOHEXA-2,4-DIEN-1-YLIDENE]AMINO}QUINOXALIN-2-YL)-4-FLUOROBENZENESULFONAMIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3UDT3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–940； UniProt 106–1044

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wxo
沉积日期 deposition_date	2009-11-09
结构标题 title	The crystal structure of the murine class IA PI 3-kinase p110delta in complex with AS5.
关键词 keywords	TRANSFERASE, PHOSPHOPROTEIN, ISOFORM-SPECIFIC INHIBITORS, CANCER; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wxo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wxo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wxo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.66 Å
Rg（电子密度）	29.69 Å
总 Rg	30.46 Å
原子数	6665
残基数	822
排除体积	119520 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wxo__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT DELTA ISOFORM
分子量 formula_weight	107823.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.153
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6706

GGDRVKKLINSQISLLIGKGLHEFDSLRDPEVNDFRTKMRQFCEEAAAHRQQLGWVEWLQYSFPLQLEPSARGWRAGLLRVSNRALLVNVKFEGSEESFTFQVSTKDMPLALMACALRKKATVFRQPLVEQPEEYALQVNGRHEYLYGNYPLCHFQYICSCLHSGLTPHLTMVHSSSILAMRDEQSNPAPQVQKPRAKPPPIPAKKPSSVSLWSLEQPFSIELIEGRKVNADERMKLVVQAGLFHGNEMLCKTVSSSEVNVCSEPVWKQRLEFDISVCDLPRMARLCFALYAVVEKAKKARSTKKKSKKADCPIAWANLMLFDYKDQLKTGERCLYMWPSVPDEKGELLNPAGTVRGNPNTESAAALVIYLPEVAPHPVYFPALEKILELGRHGERGRITEEEQLQLREILERRGSGELYEHEKDLVWKMRHEVQEHFPEALARLLLVTKWNKHEDVAQMLYLLCSWPELPVLSALELLDFSFPDCYVGSFAIKSLRKLTDDELFQYLLQLVQVLKYESYLDCELTKFLLGRALANRKIGHFLFWHLRSEMHVPSVALRFGLIMEAYCRGSTHHMKVLMKQGEALSKLKALNDFVKVSSQKTTKPQTKEMMHMCMRQETYMEALSHLQSPLDPSTLLEEVCVEQCTFMDSKMKPLWIMYSSEEAGSAGNVGIIFKNGDDLRQDMLTLQMIQLMDVLWKQEGLDLRMTPYGCLPTGDRTGLIEVVLHSDTIANIQLNKSNMAATAAFNKDALLNWLKSKNPGEALDRAIEEFTLSCAGYCVATYVLGIGDRHSDNIMIRESGQLFHIDFGHFLGNFKTKFGINRERVPFILTYDFVHVIQQGKTNNSEKFERFRGYCERAYTILRRHGLLFLHLFALMRAAGLPELSCSKDIQYLKDSLALGKTEEEALKHFRVKFNEALRESWKTKVNWLAHNVSKDNRQ

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-(3-{[(1Z)-3,5-DIMETHOXYCYCLOHEXA-2,4-DIEN-1-YLIDENE]AMINO}QUINOXALIN-2-YL)-4-FLUOROBENZENESULFONAMIDE
分子量 formula_weight	454.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2wxoA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK)

结构域编号 domain_id	2wxoA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2wxoA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	2wxoA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1010 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4

结构域编号 domain_id	2wxoA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	142.890 Å
晶胞边长 b length_b	64.170 Å
晶胞边长 c length_c	117.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.490 Å
最低分辨率 resolution_low	38.900 Å
R 因子 r_factor	0.2153
R_work r_work	0.2133
R_free r_free	0.2767

The crystal structure of the murine class IA PI 3-kinase p110delta in complex with AS5.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT DELTA ISOFORM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wxo__assembly_1__model_1

2wxo__assembly_1__model_1 | I(q)

2wxo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of the murine class IA PI 3-kinase p110delta in complex with AS5.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT DELTA ISOFORM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wxo__assembly_1__model_1

2wxo__assembly_1__model_1 | I(q)

2wxo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)