SAXSdb — 2wy3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16 × 1 （P16757） 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL × 1 ACETATE ION × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16 × 1 （P16757） 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL × 2 ACETATE ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MICB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–319； UniProt 24–341 作者链 C； PDB构建体 2–319； UniProt 24–341

UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16

HUMAN HERPESVIRUS 5 STRAIN AD169

UniProt P16757

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B × 1 （Q29980） 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL × 1 ACETATE ION × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B × 1 （Q29980） 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL × 2 ACETATE ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UL16P_HCMVA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–158； UniProt 27–184 作者链 D； PDB构建体 1–158； UniProt 27–184

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wy3
沉积日期 deposition_date	2009-11-11
结构标题 title	Structure of the HCMV UL16-MICB complex elucidates select binding of a viral immunoevasin to diverse NKG2D ligands
关键词 keywords	;IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX, IMMUNE RESPONSE, INNATE IMMUNITY, STRUCTURAL MIMICRY, IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, MEMBRANE, CYTOLYSIS, ULBP, NKG2D, NK CELL, CELL MEMBRANE, TRANSMEMBRANE, VIRAL IMMUNE EVASION, NATURAL KILLER CELL, CONVERGENT EVOLUTION ;; IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wy3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wy3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wy3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.18 Å
Rg（电子密度）	21.05 Å
总 Rg	21.96 Å
原子数	2610
残基数	310
排除体积	45937 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wy3__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2wy3__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B
分子量 formula_weight	36278.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	5980

MEPHSLRYNLMVLSQDESVQSGFLAEGHLDGQPFLRYDRQKRRAKPQGQWAEDVLGAETWDTETEDLTENGQDLRRTLTHIKDQKGGLHSLQEIRVCEIHEDSSTRGSRHFYYNGELFLSQNLETQESTVPQSSRAQTLAMNVTNFWKEDAMKTKTHYRAMQADCLQKLQRYLKSGVAIRRTVPPMVNVTCSEVSEGNITVTCRASSFYPRNITLTWRQDGVSLSHNTQQWGDVLPDGNGTYQTWVATRIRQGEEQRFTCYMEHSGNHGTHPVPSGKVLVLQSQRTDFPYVSAAMPCFVIIIILCVPCCKKKTSAAEGP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16
分子量 formula_weight	17735.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

VDLGSKSSNSTCRLNVTELASIHPGETWTLHGMCISICYYENVTEDEIIGVAFTWQHNESVVDLWLYQNDTVIRNFSDITTNILQDGLKMRTVPVTKLYTSRMVTNLTVGRYDCLRCENGTTKIIERLYVRLGSLYPRPPGSGLAKHPSVSADEELSA

来源 Source

来源生物 organism	HUMAN HERPESVIRUS 5 STRAIN AD169
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10360
宿主生物 host_organism	CRICETULUS GRISEUS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL
分子量 formula_weight	1221.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	639

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2wy3a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2wy3c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2wy3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	2wy3B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1990 —

结构域编号 domain_id	2wy3C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	2wy3D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1990 —

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晶胞边长 a length_a	58.120 Å
晶胞边长 b length_b	104.170 Å
晶胞边长 c length_c	146.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.087 Å
R 因子 r_factor	0.1788
R_work r_work	0.1770
R_free r_free	0.2133

Structure of the HCMV UL16-MICB complex elucidates select binding of a viral immunoevasin to diverse NKG2D ligands

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wy3__assembly_1__model_1

2wy3__assembly_1__model_1 | I(q)

2wy3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the HCMV UL16-MICB complex elucidates select binding of a viral immunoevasin to diverse NKG2D ligands

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wy3__assembly_1__model_1

2wy3__assembly_1__model_1 | I(q)

2wy3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)