2wyf

Crystal structure of PA-IL lectin complexed with aGal12bGal-O-Met at 2.4 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PA-I GALACTOPHILIC LECTIN

PSEUDOMONAS AERUGINOSA

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 1	alpha-D-galactopyranose-(1-2)-methyl beta-D-galactopyranoside × 1 CALCIUM ION × 2 alpha-D-galactopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	alpha-D-galactopyranose-(1-2)-methyl beta-D-galactopyranoside × 2 CALCIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 1	alpha-D-galactopyranose-(1-2)-methyl beta-D-galactopyranoside × 1 CALCIUM ION × 2 alpha-D-galactopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	alpha-D-galactopyranose-(1-2)-methyl beta-D-galactopyranoside × 2 CALCIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
5	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 3	alpha-D-galactopyranose-(1-2)-methyl beta-D-galactopyranoside × 3 CALCIUM ION × 4 alpha-D-galactopyranose × 1 water × 4	与蛋白数一致
6	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 3	alpha-D-galactopyranose-(1-2)-methyl beta-D-galactopyranoside × 3 CALCIUM ION × 4 alpha-D-galactopyranose × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA1L_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 B； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 C； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 D； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 E； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 F； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 G； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122 作者链 H； PDB构建体 1–121； UniProt 2–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wyf
沉积日期 deposition_date	2009-11-16
结构标题 title	Crystal structure of PA-IL lectin complexed with aGal12bGal-O-Met at 2.4 A resolution
关键词 keywords	SUGAR BINDING PROTEIN, LECTIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wyf__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wyf__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wyf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.15 Å
Rg（电子密度）	18.04 Å
总 Rg	18.96 Å
原子数	1850
残基数	242
排除体积	32595 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2wyf__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2wyf__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2wyf__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2wyf__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2wyf__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2wyf__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
分子量 formula_weight	12770.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	8007

AWKGEVLANNEAGQVTSIIYNPGDVITIVAAGWASYGPTQKWGPQGDREHPDQGLICHDAFCGALVMKIGNSGTIPVNTGLFRWVAPNNVQGAITLIYNDVPGTYGNNSGSFSVNIGKDQS

来源 Source

来源生物 organism	PSEUDOMONAS AERUGINOSA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-galactopyranose-(1-2)-methyl beta-D-galactopyranoside
分子量 formula_weight	356.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	646

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2wyfa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d2wyfb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d2wyfc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d2wyfd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d2wyfe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d2wyff_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d2wyfg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

结构域编号 domain_id	d2wyfh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.16 — PA-IL, galactose-binding lectin 1

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2wyfA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	2wyfB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	2wyfC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	2wyfD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	2wyfE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	2wyfF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	2wyfG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

结构域编号 domain_id	2wyfH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	430 — Galactose-binding lectin

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晶胞边长 a length_a	49.885 Å
晶胞边长 b length_b	99.788 Å
晶胞边长 c length_c	91.318 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	89.800 Å
R 因子 r_factor	0.1704
R_work r_work	0.1657
R_free r_free	0.2589

Crystal structure of PA-IL lectin complexed with aGal12bGal-O-Met at 2.4 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PA-I GALACTOPHILIC LECTIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wyf__assembly_2__model_1

2wyf__assembly_2__model_1 | I(q)

2wyf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of PA-IL lectin complexed with aGal12bGal-O-Met at 2.4 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PA-I GALACTOPHILIC LECTIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2wyf__assembly_2__model_1

2wyf__assembly_2__model_1 | I(q)

2wyf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)