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2wzs

Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 in complex with Mannoimidazole

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON

UniProt Q8A0N1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 CALCIUM ION × 1 (5R,6R,7S,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL × 1 GLYCEROL × 3 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 CALCIUM ION × 1 (5R,6R,7S,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL × 1 GLYCEROL × 4 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 CALCIUM ION × 1 (5R,6R,7S,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL × 1 GLYCEROL × 4 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 CALCIUM ION × 1 (5R,6R,7S,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL × 1 GLYCEROL × 4 water × 1 与蛋白数一致
5 蛋白单体 单体 蛋白 1 CALCIUM ION × 1 (5R,6R,7S,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL × 1 GLYCEROL × 3 water × 1 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 CALCIUM ION × 1 (5R,6R,7S,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL × 1 GLYCEROL × 1 water × 1 与蛋白数一致
7 蛋白单体 单体 蛋白 1 CALCIUM ION × 1 (5R,6R,7S,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
8 蛋白单体 单体 蛋白 1 CALCIUM ION × 1 (5R,6R,7S,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2wvx 2wvx 2wvx 2wvx 2wvz 2wvz 2wvz 2wvz 2ww0 2ww0 2ww0 2ww0

共 24 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2ww1 2ww1 2ww1 2ww1 2ww3 2ww3 2ww3 2ww3 2ww3 2ww3

共 10 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8A0N1_BACTN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755 作者链 B； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755 作者链 C； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755 作者链 D； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755 作者链 E； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755 作者链 F； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755 作者链 G； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755 作者链 H； PDB构建体 1–736； UniProt 20–755

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wzs
沉积日期 deposition_date2009-12-02
结构标题 titleStructure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 in complex with Mannoimidazole
关键词 keywordsGLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 92, ALPHA-1\, 2 LINKAGE, BT3990, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wzs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wzs__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wzs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）27.26 Å
Rg（电子密度）26.45 Å
总 Rg27.34 Å
原子数5994
残基数736
排除体积105960 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2wzs__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2wzs__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2wzs__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 2wzs__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 2wzs__assembly_5__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 2wzs__assembly_6__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 2wzs__assembly_7__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 2wzs__assembly_8__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

结构域编号 domain_id2wzsA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2wzsA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GH92 mannosidase domain
结构域编号 domain_id2wzsA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — alpha-1,2-mannosidase
结构域编号 domain_id2wzsA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — alpha-1,2-mannosidases domains
结构域编号 domain_id2wzsB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2wzsB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GH92 mannosidase domain
结构域编号 domain_id2wzsB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — alpha-1,2-mannosidase
结构域编号 domain_id2wzsB04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — alpha-1,2-mannosidases domains
结构域编号 domain_id2wzsC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2wzsC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GH92 mannosidase domain
结构域编号 domain_id2wzsC03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — alpha-1,2-mannosidase
结构域编号 domain_id2wzsC04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — alpha-1,2-mannosidases domains
结构域编号 domain_id2wzsD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2wzsD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GH92 mannosidase domain
结构域编号 domain_id2wzsD03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — alpha-1,2-mannosidase
结构域编号 domain_id2wzsD04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — alpha-1,2-mannosidases domains
结构域编号 domain_id2wzsE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2wzsE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GH92 mannosidase domain
结构域编号 domain_id2wzsE03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — alpha-1,2-mannosidase
结构域编号 domain_id2wzsE04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — alpha-1,2-mannosidases domains
结构域编号 domain_id2wzsF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2wzsF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GH92 mannosidase domain
结构域编号 domain_id2wzsF03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — alpha-1,2-mannosidase
结构域编号 domain_id2wzsF04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — alpha-1,2-mannosidases domains
结构域编号 domain_id2wzsG01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2wzsG02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GH92 mannosidase domain
结构域编号 domain_id2wzsG03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — alpha-1,2-mannosidase
结构域编号 domain_id2wzsG04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — alpha-1,2-mannosidases domains
结构域编号 domain_id2wzsH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2wzsH02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2080 — GH92 mannosidase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GH92 mannosidase domain
结构域编号 domain_id2wzsH03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — alpha-1,2-mannosidase
结构域编号 domain_id2wzsH04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1610 — Glycosyl hydrolase family fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — alpha-1,2-mannosidases domains
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7. 引用文献 (1)