2x0y

Screening-based discovery of drug-like O-GlcNAcase inhibitor scaffolds

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O-GLCNACASE NAGJ

物种未注明

UniProt Q0TR53

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 7-[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]-1,3-DIMETHYL-3,7-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6-DIONE × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OGA_CLOP1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–594; UniProt 31–624 作者链 B; PDB构建体 1–594; UniProt 31–624

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2x0y
沉积日期 deposition_date2009-12-18
结构标题 titleScreening-based discovery of drug-like O-GlcNAcase inhibitor scaffolds
关键词 keywordsGLYCOSIDASE, HYDROLASE, CELL ADHESION; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2x0y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2x0y__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2x0y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)39.29 Å
Rg(电子密度)39.03 Å
总 Rg39.25 Å
原子数9285
残基数1169
排除体积163530 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2x0y__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2x0ya1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family familyd.92.2.3 — Hyaluronidase N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2x0ya2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.10 — alpha-D-glucuronidase/Hyaluronidase catalytic domain
结构域编号 domain_idd2x0ya3
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.246 — Hyaluronidase domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.246.1 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
家族 Family familya.246.1.1 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
结构域编号 domain_idd2x0yb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family familyd.92.2.3 — Hyaluronidase N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2x0yb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.10 — alpha-D-glucuronidase/Hyaluronidase catalytic domain
结构域编号 domain_idd2x0yb3
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.246 — Hyaluronidase domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.246.1 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
家族 Family familya.246.1.1 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2x0yA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology379 — Chitobiase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like
结构域编号 domain_id2x0yA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
结构域编号 domain_id2x0yA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
结构域编号 domain_id2x0yB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology379 — Chitobiase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like
结构域编号 domain_id2x0yB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
结构域编号 domain_id2x0yB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily460 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
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7. 引用文献 (1)