SAXSdb — 2x32

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CELLULOSE-BINDING PROTEIN

SACCHAROPHAGUS DEGRADANS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 1 IMIDAZOLE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 1 IMIDAZOLE × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q21LI5_SACD2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–179； UniProt 199–371 作者链 B； PDB构建体 7–179； UniProt 199–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2x32
沉积日期 deposition_date	2010-01-19
结构标题 title	Structure of a polyisoprenoid binding domain from Saccharophagus degradans implicated in plant cell wall breakdown
关键词 keywords	CARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN, OXIDOREDUCTION, MARINE BACTERIA, POLYISOPRENOID TRANSPORT; CARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2x32__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2x32__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2x32__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.14 Å
Rg（电子密度）	16.82 Å
总 Rg	17.84 Å
原子数	1359
残基数	174
排除体积	24529 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2x32__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2x32__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CELLULOSE-BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	19326.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3453

HHHHHHLAYSLDATASFLNFVSSKKTHVLETHRFDVLSGGISTAGEAQLVIDLNSVNTGIDVRNGRMRDYLFETATYSVATVTVPVDLAAVAGLAVGEDMLVDVSATLDLHGVPGVIDTQLNVQRLSATRIMVQNQSPLLIKAADYSLEAGIETLRNLASLNVISTTVPVDFVLFYEAP

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROPHAGUS DEGRADANS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	203122
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	722.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	541

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2x32A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like

结构域编号 domain_id	2x32B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like

▶

晶胞边长 a length_a	63.378 Å
晶胞边长 b length_b	64.360 Å
晶胞边长 c length_c	84.732 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	51.230 Å
R 因子 r_factor	0.1603
R_work r_work	0.1585
R_free r_free	0.1942

Structure of a polyisoprenoid binding domain from Saccharophagus degradans implicated in plant cell wall breakdown

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CELLULOSE-BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2x32__assembly_1__model_1

2x32__assembly_1__model_1 | I(q)

2x32__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a polyisoprenoid binding domain from Saccharophagus degradans implicated in plant cell wall breakdown

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CELLULOSE-BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2x32__assembly_1__model_1

2x32__assembly_1__model_1 | I(q)

2x32__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)