SAXSdb — 2x4m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COAGULASE/FIBRINOLYSIN

YERSINIA PESTIS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–312	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 5 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 3.5；16% PEG 400, 0.1M LITHIUM CITRATE PH: 3.5	分辨率 2.55 Å R-free 0.246
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–312	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 5 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 3.5；16% PEG 400, 0.1M LITHIUM CITRATE PH: 3.5	分辨率 2.55 Å R-free 0.246
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 21–312	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 6 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 3.5；16% PEG 400, 0.1M LITHIUM CITRATE PH: 3.5	分辨率 2.55 Å R-free 0.246
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 21–312	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 7 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 3.5；16% PEG 400, 0.1M LITHIUM CITRATE PH: 3.5	分辨率 2.55 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2X4M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2X55 Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla (Native) 提交 2010-02-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–312（292 aa）	未记录	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 23 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；27% PEG 400, 0.1 M LISO4, 0.1 M LITHIUM CITRATE, PH 4.8	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
2X56 Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla (Native) 提交 2010-02-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–312（292 aa）	未记录	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；27% PEG 400, 0.1 M LISO4, 0.1 M LI CITRATE, PH 4.8	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
4DCB Y. pestis Plasminogen Activator Pla in Complex with Human Plasminogen Activation Loop Peptide ALP11 提交 2012-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–312（288 aa）	突变：D84N	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.2 M NH4KH2PO4 and 0.1M NaOAc, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.03 Å R-free 0.232

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COLY_YERPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–292； UniProt 21–312 作者链 B； PDB构建体 1–292； UniProt 21–312 作者链 C； PDB构建体 1–292； UniProt 21–312 作者链 D； PDB构建体 1–292； UniProt 21–312

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2x4m
沉积日期 deposition_date	2010-02-05
结构标题 title	Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla
关键词 keywords	OMPTIN, TRANSMEMBRANE, ASPARTYL PROTEASE, CELL OUTER MEMBRANE, PROTEASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.87 Å
零角强度 I(0) i0	289320000.00
分子量 molecular_weight	132880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	163300 Å³
包络体积 envelope_volume	227650 Å³
水化壳体积 shell_volume	47378 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.3 Å
壳层 Rg shell_rg	44.81 Å
包络 Rg envelope_rg	40.95 Å
形状 Rg shape_rg	41.84 Å
总 Rg total_rg	42.11 Å
总原子数 total_atoms	9362
残基数 n_residues	1163
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.9 Å
Rg (实空间) rg_real	42.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	289300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8687
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.288
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.701
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9104000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.565

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COAGULASE/FIBRINOLYSIN
分子量 formula_weight	32953.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.48
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9482

ASSQLIPNISPDSFTVAASTGMLSGKSHEMLYDAETGRKISQLDWKIKNVAILKGDISWDPYSFLTLNARGWTSLASGSGNMDDYAWMNENQSEWTDHSSHPATNVNHANEYDLNVKGWLLQDENYKAGITAGYQETRFSWTATGGSYSYNNGAYTGNFPKGVRVIGYNQRFSMPYIGLAGQYRINDFELNALFKFSDWVRAHDNDEHYMRDLTFREKTSGSRYYGTVINAGYYVTPNAKVFAEFTYSKYDEGKGGTQTIDKNSGDSVSIGGDAAGISNKNYTVTAGLQYRFGGGGGG

来源 Source

来源生物 organism	YERSINIA PESTIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	632
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	120

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2x4ma1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.4 — OMPT-like
家族 Family family	f.4.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2x4ma2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2x4mb1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.4 — OMPT-like
家族 Family family	f.4.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2x4mb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2x4mc1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.4 — OMPT-like
家族 Family family	f.4.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2x4mc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2x4md1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.4 — OMPT-like
家族 Family family	f.4.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2x4md2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2x4mA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — OMPT-like

结构域编号 domain_id	2x4mB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — OMPT-like

结构域编号 domain_id	2x4mC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — OMPT-like

结构域编号 domain_id	2x4mD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — OMPT-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.913 Å
晶胞边长 b length_b	127.824 Å
晶胞边长 c length_c	107.175 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	19.930 Å
R 因子 r_factor	0.1860
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/x4/2x4m/2x4m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x4/2x4m/2x4m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x4/2x4m/2x4m.dat

Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COAGULASE/FIBRINOLYSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction