← 返回搜索
2x56

Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla (Native)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.5 Å Quality: REASONABLE
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COAGULASE/FIBRINOLYSIN

YERSINIA PESTIS

UniProt P17811

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–312 未记录 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 18 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.8；27% PEG 400, 0.1 M LISO4, 0.1 M LI CITRATE, PH 4.8 分辨率 2.30 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2X56 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2X4M Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla 提交 2010-02-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–312（292 aa）
突变：YES SO4 SULFATE ION × 5 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；16% PEG 400, 0.1M LITHIUM CITRATE PH: 3.5
分辨率 2.55 Å R-free 0.246
2X4M Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla 提交 2010-02-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 21–312（292 aa）
突变：YES SO4 SULFATE ION × 5 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；16% PEG 400, 0.1M LITHIUM CITRATE PH: 3.5
分辨率 2.55 Å R-free 0.246
2X4M Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla 提交 2010-02-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 21–312（292 aa）
突变：YES SO4 SULFATE ION × 6 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；16% PEG 400, 0.1M LITHIUM CITRATE PH: 3.5
分辨率 2.55 Å R-free 0.246
2X4M Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla 提交 2010-02-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 21–312（292 aa）
突变：YES SO4 SULFATE ION × 7 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；16% PEG 400, 0.1M LITHIUM CITRATE PH: 3.5
分辨率 2.55 Å R-free 0.246
2X55 Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla (Native) 提交 2010-02-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–312（292 aa）
未记录 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 23 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.8；27% PEG 400, 0.1 M LISO4, 0.1 M LITHIUM CITRATE, PH 4.8
分辨率 1.85 Å R-free 0.209
4DCB Y. pestis Plasminogen Activator Pla in Complex with Human Plasminogen Activation Loop Peptide ALP11 提交 2012-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–312（288 aa）
突变：D84N MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.2 M NH4KH2PO4 and 0.1M NaOAc, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.03 Å R-free 0.232

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COLY_YERPE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–292； UniProt 21–312

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2x56

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2x56
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2x56
沉积日期 deposition_date2010-02-05
结构标题 titleYersinia Pestis Plasminogen Activator Pla (Native)
关键词 keywordsTRANSMEMBRANE, ASPARTYL PROTEASE, CELL OUTER MEMBRANE, OMPTIN, PROTEASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.95 Å
零角强度 I(0) i017287100.00
分子量 molecular_weight33472.0 kDa
排除体积 excluded_volume42740 ų
包络体积 envelope_volume50132 ų
水化壳体积 shell_volume20077 ų
包络直径 envelope_diameter79.5 Å
壳层 Rg shell_rg27.82 Å
包络 Rg envelope_rg22.44 Å
形状 Rg shape_rg21.95 Å
总 Rg total_rg22.78 Å
总原子数 total_atoms2367
残基数 n_residues272
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.5 Å
Rg (实空间) rg_real22.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17290000.0000
解质量估计 total_estimate0.7272
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.0 Å
偏度 Skewness skewness0.564
峰度 Kurtosis kurtosis-0.251
角度范围 angular_range— – 0.3550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4283000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.595; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.673; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2x56a_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.4 — OMPT-like
家族 Family familyf.4.4.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2x56A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — OMPT-like
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)