2xcr

The 3.5A crystal structure of the catalytic core (B'A' region) of Staphylococcus aureus DNA Gyrase complexed with GSK299423 and DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A

STAPHYLOCOCCUS AUREUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;5'-D(5UAGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGP GPCPTP)-3' ; × 2 6-METHOXY-4-(2-{4-[([1,3]OXATHIOLO[5,4-C]PYRIDIN-6-YLMETHYL)AMINO]PIPERIDIN-1-YL}ETHYL)QUINOLINE-3-CARBONITRILE × 1	与全部聚合物一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;5'-D(APGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGP GPCPTP)-3' ; × 2 6-METHOXY-4-(2-{4-[([1,3]OXATHIOLO[5,4-C]PYRIDIN-6-YLMETHYL)AMINO]PIPERIDIN-1-YL}ETHYL)QUINOLINE-3-CARBONITRILE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRB_STAAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–236； UniProt 410–644 作者链 D； PDB构建体 2–236； UniProt 410–644 作者链 S； PDB构建体 2–236； UniProt 410–644 作者链 U； PDB构建体 2–236； UniProt 410–644

DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A

STAPHYLOCOCCUS AUREUS

UniProt Q99XG5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;5'-D(5UAGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGP GPCPTP)-3' ; × 2 6-METHOXY-4-(2-{4-[([1,3]OXATHIOLO[5,4-C]PYRIDIN-6-YLMETHYL)AMINO]PIPERIDIN-1-YL}ETHYL)QUINOLINE-3-CARBONITRILE × 1	与全部聚合物一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;5'-D(APGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGP GPCPTP)-3' ; × 2 6-METHOXY-4-(2-{4-[([1,3]OXATHIOLO[5,4-C]PYRIDIN-6-YLMETHYL)AMINO]PIPERIDIN-1-YL}ETHYL)QUINOLINE-3-CARBONITRILE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRA_STAAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 237–726； UniProt 2–491 作者链 D； PDB构建体 237–726； UniProt 2–491 作者链 S； PDB构建体 237–726； UniProt 2–491 作者链 U； PDB构建体 237–726； UniProt 2–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xcr
沉积日期 deposition_date	2010-04-25
结构标题 title	The 3.5A crystal structure of the catalytic core (B'A' region) of Staphylococcus aureus DNA Gyrase complexed with GSK299423 and DNA
关键词 keywords	ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2xcr__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2xcr__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2xcr__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.29 Å
Rg（电子密度）	36.95 Å
总 Rg	37.40 Å
原子数	12195
残基数	1473
排除体积	214070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2xcr__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2xcr__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A
分子量 formula_weight	82328.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,S,U
原子数 atom_count	24495

MDVASLPGKLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPLYKLTQGKQKYYVYNDRELDKLKSELNPTPKWSIARYKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAVYANLDFAELPQSRINERNITSEMRESFLDYAMSVIVARALPDVRDGLKPVHRRILYGLNEQGMTPDKSYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYEAMVRMAQDFSYRYPLVDGQGNFGSMDGDGAAAMRFTEARMTKITLELLRDINKDTIDFIDNYDGNEREPSVLPARFPNLLANGASGIAVGMATNIPPHNLTELINGVLSLSKNPDISIAELMEDIEGPDFPTAGLILGKSGIRRAYETGRGSIQMRSRAVIEERGGGRQRIVVTEIPFQVNKARMIEKIAELVRDKKIDGITDLRDETSLRTGVRVVIDVRKDANASVILNNLYKQTPLQTSFGVNMIALVNGRPKLINLKEALVHYLEHQKTVVRRRTQYNLRKAKDRAHILEGLRIALDHIDEIISTIRESDTDKVAMESLQQRFKLSEKQAQAILDMRLRRLTGLERDKIEAEYNELLNYISELETILADEEVLLQLVRDELTEIRDRFGDDRRTEIQLG

来源 Source

来源生物 organism	STAPHYLOCOCCUS AUREUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(5UAGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGP GPCPTP)-3' ;
分子量 formula_weight	6100.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

XGCCGTAGGGCCCTACGGCT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;5'-D(APGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGP GPCPTP)-3' ;
分子量 formula_weight	6136.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	V,W

AGCCGTAGGGCCCTACGGCT

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	6-METHOXY-4-(2-{4-[([1,3]OXATHIOLO[5,4-C]PYRIDIN-6-YLMETHYL)AMINO]PIPERIDIN-1-YL}ETHYL)QUINOLINE-3-CARBONITRILE
分子量 formula_weight	461.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	2xcrB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	2xcrB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	2xcrB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2xcrB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

结构域编号 domain_id	2xcrD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	2xcrD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	2xcrD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2xcrD04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

结构域编号 domain_id	2xcrS01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	2xcrS02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	2xcrS03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2xcrS04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

结构域编号 domain_id	2xcrU01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	2xcrU02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	2xcrU03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2xcrU04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

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晶胞边长 a length_a	113.260 Å
晶胞边长 b length_b	165.381 Å
晶胞边长 c length_c	308.431 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	23.987 Å
R 因子 r_factor	0.2102
R_work r_work	0.2082
R_free r_free	0.2582

The 3.5A crystal structure of the catalytic core (B'A' region) of Staphylococcus aureus DNA Gyrase complexed with GSK299423 and DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xcr__assembly_2__model_1

2xcr__assembly_2__model_1 | I(q)

2xcr__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

The 3.5A crystal structure of the catalytic core (B'A' region) of Staphylococcus aureus DNA Gyrase complexed with GSK299423 and DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA GYRASE SUBUNIT B, DNA GYRASE SUBUNIT A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xcr__assembly_2__model_1

2xcr__assembly_2__model_1 | I(q)

2xcr__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)