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2xdv

Crystal Structure of the Catalytic Domain of FLJ14393

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.0 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MYC-INDUCED NUCLEAR ANTIGEN

HOMO SAPIENS

UniProt Q8IUF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–465 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-465 OGA N-OXALYLGLYCINE × 6 NI NICKEL (II) ION × 36 MN MANGANESE (II) ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 CD CADMIUM ION × 18 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：12% PEG 3350; 0.005M COCL2; 0.005M MGCL2; 0.005M CDCL2; 0.005M NICL2; 0.1M HEPES PH 7.5 分辨率 2.57 Å R-free 0.229
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–465 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-465 OGA N-OXALYLGLYCINE × 2 NI NICKEL (II) ION × 12 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CD CADMIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：12% PEG 3350; 0.005M COCL2; 0.005M MGCL2; 0.005M CDCL2; 0.005M NICL2; 0.1M HEPES PH 7.5 分辨率 2.57 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2XDV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4BU2 60S ribosomal protein L27A histidine hydroxylase (MINA53) in complex with Ni(II) and 2-oxoglutarate (2OG) 提交 2013-06-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–465（440 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-465
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NI NICKEL (II) ION × 4 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M BIS-TRIS PROPANE PH 6.5, 19-22% (W/V) PEG 3350, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.005M NICL2, TEMPERATURE 293K. VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.78 Å R-free 0.233
4BXF 60S ribosomal protein L27A histidine hydroxylase (MINA53 Y209C) in complex with MN(II), 2-oxoglutarate (2OG) and 60S ribosomal protein L27A (RPL27A G37C) peptide fragment 提交 2013-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 26–465（440 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-465
链 B 26–465（440 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-465
突变：YES 突变：YES MN MANGANESE (II) ION × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；VAPOR DIFFUSION SITTING DROP. 0.1M BIS-TRIS PROPANE PH 8.5, 0.02M NA-K-PHOSPHATE, 20-22% (W/V) PEG 3350, 0.002 M MNCL2, TEMPERATURE 293K
分辨率 2.05 Å R-free 0.221

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MINA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–442； UniProt 26–465

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2xdv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2xdv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2xdv
沉积日期 deposition_date2010-05-07
结构标题 titleCrystal Structure of the Catalytic Domain of FLJ14393
关键词 keywordsRIBOSOME BIOGENESIS, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.90 Å
零角强度 I(0) i031706000.00
分子量 molecular_weight43298.0 kDa
排除体积 excluded_volume54099 ų
包络体积 envelope_volume71044 ų
水化壳体积 shell_volume24449 ų
包络直径 envelope_diameter83.9 Å
壳层 Rg shell_rg31.29 Å
包络 Rg envelope_rg25.22 Å
形状 Rg shape_rg24.84 Å
总 Rg total_rg25.87 Å
总原子数 total_atoms3018
残基数 n_residues374
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.0 Å
Rg (实空间) rg_real25.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31710000.0000
解质量估计 total_estimate0.9068
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.4 Å
偏度 Skewness skewness0.302
峰度 Kurtosis kurtosis-0.599
角度范围 angular_range— – 0.3100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3851000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.995
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2xdvA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily650 — Cupin
结构域编号 domain_id2xdvA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1500 — JmjC domain-containing ribosomal oxygenase (ROX), dimer domain
结构域编号 domain_id2xdvA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)