SAXSdb — 2xfv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REGULATORY PROTEIN SWI6

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–126 链 B； UniProt 2–126	片段：AMINO-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 2-126	CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；5-15MG/ML PROTEIN, 10% PEG4000, 0.1M NA-CACODYLATE, 20MM CA-ACETATE, 0.2M NH4CL, PH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2XFV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SW6 S. CEREVISIAE SWI6 ANKYRIN-REPEAT FRAGMENT 提交 1998-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 188–512（325 aa）片段：ANKYRIN-REPEAT DOMAIN 链 B 188–512（325 aa）片段：ANKYRIN-REPEAT DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.50	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
5XW5 Crystal structure of budding yeast Cdc14p (C283S) bound to a Swi6p phosphopeptide 提交 2017-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 155–164（10 aa）片段：UNP residues 155-164	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Bis-Tris, ammonium sulfate, PEG 4000	分辨率 1.85 Å R-free 0.217

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SWI6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126 作者链 B； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xfv
沉积日期 deposition_date	2010-05-27
结构标题 title	Structure of the amino-terminal domain from the cell-cycle regulator Swi6
关键词 keywords	CELL-CYCLE, REGULATION, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.64 Å
零角强度 I(0) i0	11699900.00
分子量 molecular_weight	25640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32018 Å³
包络体积 envelope_volume	38999 Å³
水化壳体积 shell_volume	17198 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.13 Å
包络 Rg envelope_rg	19.78 Å
形状 Rg shape_rg	19.62 Å
总 Rg total_rg	20.51 Å
总原子数 total_atoms	1804
残基数 n_residues	216
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8187
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.275
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.472
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1985000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	REGULATORY PROTEIN SWI6
分子量 formula_weight	14519.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2196

ALEEVVRYLGPHNEIPLTLTRDSETGHFLLKHFLPILQQYHDTGNINETNPDSFPTDEERNKLLAHYGIAVNTDDRGELWIELEKCLQLLNMLNLFGLFQDAFEFEEPETDQDEEDPSHSKLPEN

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	329

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2xfvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	2xfvB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.934 Å
晶胞边长 b length_b	69.934 Å
晶胞边长 c length_c	297.944 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	19.784 Å
R 因子 r_factor	0.1717
R_work r_work	0.1705
R_free r_free	0.1962

fit	/app/data/saxs_computation/xf/2xfv/2xfv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xf/2xfv/2xfv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xf/2xfv/2xfv.dat

Structure of the amino-terminal domain from the cell-cycle regulator Swi6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REGULATORY PROTEIN SWI6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction