SAXSdb — 2xgj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DOB1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	;RNA (5'-(APAPAPAP*A)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	;RNA (5'-(APAPAPAP*A)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTR4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–1010； UniProt 81–1073 作者链 B； PDB构建体 18–1010； UniProt 81–1073

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xgj
沉积日期 deposition_date	2010-06-04
结构标题 title	Structure of Mtr4, a DExH helicase involved in nuclear RNA processing and surveillance
关键词 keywords	HYDROLASE-RNA COMPLEX, HYDROLASE, TRAMP, EXOSOME, DEAD, NUCLEOTIDE-BINDING; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2xgj__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2xgj__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2xgj__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.93 Å
Rg（电子密度）	31.51 Å
总 Rg	32.06 Å
原子数	6161
残基数	782
排除体积	110090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2xgj__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2xgj__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DOB1
分子量 formula_weight	115203.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13, 3.6.1.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13889

HHHHHHENLYFQGAASMLADSFEQEASREVDASKGLTNSETLQVEQDGKVRLSHQVRHQVALPPNYDYTPIAEHKRVNEARTYPFTLDPFQDTAISCIDRGESVLVSAHTSAGKTVVAEYAIAQSLKNKQRVIYTSPIKALSNQKYRELLAEFGDVGLMTGDITINPDAGCLVMTTEILRSMLYRGSEVMREVAWVIFDEVHYMRDKERGVVWEETIILLPDKVRYVFLSATIPNAMEFAEWICKIHSQPCHIVYTNFRPTPLQHYLFPAHGDGIYLVVDEKSTFREENFQKAMASISNQIGDDPNSTDSRGKKGQTYKGGSAKGDAKGDIYKIVKMIWKKKYNPVIVFSFSKRDCEELALKMSKLDFNSDDEKEALTKIFNNAIALLPETDRELPQIKHILPLLRRGIGIHHSGLLPILKEVIEILFQEGFLKVLFATETFSIGLNMPAKTVVFTSVRKWDGQQFRWVSGGEYIQMSGRAGRRGLDDRGIVIMMIDEKMEPQVAKGMVKGQADRLDSAFHLGYNMILNLMRVEGISPEFMLEHSFFQFQNVISVPVMEKKLAELKKDFDGIEVEDEENVKEYHEIEQAIKGYREDVRQVVTHPANALSFLQPGRLVEISVNGKDNYGWGAVVDFAKRINKRNPSAVYTDHESYIVNVVVNTMYIDSPVNLLKPFNPTLPEGIRPAEEGEKSICAVIPITLDSIKSIGNLRLYMPKDIRASGQKETVGKSLREVNRRFPDGIPVLDPVKNMKIEDEDFLKLMKKIDVLNTKLSSNPLTNSMRLEELYGKYSRKHDLHEDMKQLKRKISESQAVIQLDDLRRRKRVLRRLGFCTPNDIIELKGRVACEISSGDELLLTELIFNGNFNELKPEQAAALLSCFAFQERCKEAPRLKPELAEPLKAMREIAAKIAKIMKDSKIEVVEKDYVESFRHELMEVVYEWCRGATFTQICKMTDVYEGSLIRMFKRLEELVKELVDVANTIGNSSLKEKMEAVLKLIHRDIVSAGSLYL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-(APAPAPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	1601.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

AAAAA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	81

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	2xgjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2xgjA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2xgjA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3380 — Sec63 N-terminal domain-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	2xgjA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1500 — YheA-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2xgjA05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	2xgjB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2xgjB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2xgjB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3380 — Sec63 N-terminal domain-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	2xgjB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1500 — YheA-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	100.110 Å
晶胞边长 b length_b	126.019 Å
晶胞边长 c length_c	102.272 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	53.453 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2005
R_free r_free	0.2474

Structure of Mtr4, a DExH helicase involved in nuclear RNA processing and surveillance

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DOB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xgj__assembly_2__model_1

2xgj__assembly_2__model_1 | I(q)

2xgj__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Mtr4, a DExH helicase involved in nuclear RNA processing and surveillance

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DOB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xgj__assembly_2__model_1

2xgj__assembly_2__model_1 | I(q)

2xgj__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)