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2xm3

Deinococcus radiodurans ISDra2 Transposase Left end DNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSPOSASE

DEINOCOCCUS RADIODURANS

UniProt O83028

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 2 DNA 4 DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT × 2 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3' × 2 MAGNESIUM ION × 4 GLYCEROL × 1 water × 6 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 2 DNA 4 DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT × 2 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3' × 2 ACETATE ION × 1 MAGNESIUM ION × 4 GLYCEROL × 2 water × 6 与全部聚合物一致
3 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 2 DNA 4 DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT × 2 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3' × 2 MAGNESIUM ION × 4 GLYCEROL × 1 water × 5 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2xm3 2xm3 2xm3 2xma 2xo6 2xqc

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O83028_DEIRA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 B； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 C； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 D； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 E； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 F； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2xm3
沉积日期 deposition_date2010-07-22
结构标题 titleDeinococcus radiodurans ISDra2 Transposase Left end DNA complex
关键词 keywordsDNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSPOSITION, MOBILE ELEMENT; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2xm3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2xm3__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2xm3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）24.87 Å
Rg（电子密度）23.68 Å
总 Rg24.41 Å
原子数3378
残基数321
排除体积56577 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2xm3__assembly_1__model_1 hexameric （6） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2xm3__assembly_2__model_1 hexameric （6） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2xm3__assembly_3__model_1 hexameric （6） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2xm3A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1290 — Transposase IS200-like
结构域编号 domain_id2xm3B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1290 — Transposase IS200-like
结构域编号 domain_id2xm3C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1290 — Transposase IS200-like
结构域编号 domain_id2xm3D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1290 — Transposase IS200-like
结构域编号 domain_id2xm3E00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1290 — Transposase IS200-like
结构域编号 domain_id2xm3F00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1290 — Transposase IS200-like
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7. 引用文献 (1)