2xqy

CRYSTAL STRUCTURE OF PSEUDORABIES CORE FRAGMENT OF GLYCOPROTEIN H IN COMPLEX WITH FAB D6.3

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENVELOPE GLYCOPROTEIN H

SUID HERPESVIRUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 3	A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY × 1 A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 2	A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY × 1 A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GH_SUHVK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–535； UniProt 107–639 作者链 E； PDB构建体 3–535； UniProt 107–639

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xqy
沉积日期 deposition_date	2010-09-08
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF PSEUDORABIES CORE FRAGMENT OF GLYCOPROTEIN H IN COMPLEX WITH FAB D6.3
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX, ENVELOPE PROTEIN; IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2xqy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2xqy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2xqy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.19 Å
Rg（电子密度）	33.64 Å
总 Rg	34.21 Å
原子数	6896
残基数	898
排除体积	122240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2xqy__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2xqy__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ENVELOPE GLYCOPROTEIN H
分子量 formula_weight	60391.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	14739

RSQRPRERPRLSGPPSGAELVAFDAPGVRRTYTTAAVWPAEVAVLADAEARCPAAVFNVTLGEAFLGLRVALRSFLPLEVIISAERMRMIAPPALGSDLEPPGPPAGRFHVYTLGFLSDGAMHQTMRDVAAYVHESDDYLAQLSAAHAAALAAVVQPGPYYFYRAAVRLGVAAFVFSEAARRDRRASAPALLRVESDARLLSRLLMRAAGCPAGFAGLFDGRAERVPVAPADQLRAAWTFGEDPAPRLDLARATVAEAYRRSVRGKPFDQQALFFAVALLLRAGGPGDARETLLRTTAMCTAERAAAAAELTRAALSPTAAWNEPFSLLDVLSPCAVSLRRDLGGDATLANLGAAARLALAPAGAPGAAAATDEGAEEEEEDPVARAAPEIPAEALLALPLRGGASFVFTRRRPDCGPAYTLGGVDIANPLVLAIVSNDSAACDYTDRMPESQHLPATDNPSVCVYCDCVFVRYSSAGTILETVLIESKDMEEQLMAGANSTIPSFNPTLHGGDVKALMLFPNGTVVDLLSFTSTFEDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	SUID HERPESVIRUS
通用名 common_name	PSEUDORABIES VIRUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10345
宿主生物 host_organism	DROSOPHILA MELANOGASTER

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY
分子量 formula_weight	28098.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,J

RSKLLDQVQLQQPGAELVKPGASVKMSCKASGYSFTSYWMNWVKQRPGRGLEWIGRIDPSDNETHYNQDFKDKVTLTVDKSSSTVYIQLSSLTSEDSAVYYCGRLGYVYGFDYWGQGTTLTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRASDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	DROSOPHILA MELANOGASTER

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	A13-D6.3 MONOCLONAL ANTIBODY
分子量 formula_weight	24278.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L

RSDIVLTQSPASLALSLGQRATISCRASKSVSTSGYSYMYWYQQKPGQPPKLLIYLASNLESGVPARFSGSGSGTDFTLNIHPVEEEDAATYYCQHSRELPWTFGGGTKLEINRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	DROSOPHILA MELANOGASTER

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	952

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2xqyk1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2xqyk2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d2xqyl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2xqyl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	2xqyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2xqyA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1340 —

结构域编号 domain_id	2xqyA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3190 — Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2xqyE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2xqyE03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3190 — Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2xqyG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2xqyG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2xqyJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2xqyJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2xqyK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2xqyK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2xqyL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2xqyL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	82.310 Å
晶胞边长 b length_b	100.630 Å
晶胞边长 c length_c	161.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	58.120 Å
R 因子 r_factor	0.1887
R_work r_work	0.1878
R_free r_free	0.2046

CRYSTAL STRUCTURE OF PSEUDORABIES CORE FRAGMENT OF GLYCOPROTEIN H IN COMPLEX WITH FAB D6.3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENVELOPE GLYCOPROTEIN H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xqy__assembly_1__model_1

2xqy__assembly_1__model_1 | I(q)

2xqy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF PSEUDORABIES CORE FRAGMENT OF GLYCOPROTEIN H IN COMPLEX WITH FAB D6.3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENVELOPE GLYCOPROTEIN H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xqy__assembly_1__model_1

2xqy__assembly_1__model_1 | I(q)

2xqy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)