SAXSdb — 2xsc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–89 链 B； UniProt 21–89 链 C； UniProt 21–89 链 D； UniProt 21–89 链 E； UniProt 21–89	片段：RESIDUES 21-89	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；12% PEG8000, 50 MM MOPS PH7.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2XSC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C48 MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (G62T) 提交 1999-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 B 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 C 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 D 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN 链 E 21–89（69 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN	突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.240
1CZG STRUCTURE OF THE G62T MUTANT OF SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT 提交 1999-09-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 B 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 C 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 D 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 E 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN	突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T 突变：G62T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG4000, 10% propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.251
1CZW STRUCTURE OF THE W34A MUTANT OF SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT 提交 1999-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 B 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 C 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 D 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 E 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN	突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 4000 0.2 M MGCL2 5% DIOXANE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.214
1CZW STRUCTURE OF THE W34A MUTANT OF SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT 提交 1999-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 G 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 H 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 I 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN 链 J 21–89（69 aa）片段：SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN	突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A 突变：W34A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 4000 0.2 M MGCL2 5% DIOXANE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.214

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STXB_BPH30
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 B； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 C； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xsc
沉积日期 deposition_date	2010-09-27
结构标题 title	Crystal structure of the cell-binding B oligomer of verotoxin-1 from E. coli
关键词 keywords	TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.00 Å
零角强度 I(0) i0	26246600.00
分子量 molecular_weight	38644.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47985 Å³
包络体积 envelope_volume	55608 Å³
水化壳体积 shell_volume	22183 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.1 Å
壳层 Rg shell_rg	27.33 Å
包络 Rg envelope_rg	20.83 Å
形状 Rg shape_rg	20.93 Å
总 Rg total_rg	21.97 Å
总原子数 total_atoms	2703
残基数 n_residues	345
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1340e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9114
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.121
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.609
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8253000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.949

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2xsca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2xscb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2xscc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2xscd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2xsce_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2xscA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2xscB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2xscC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2xscD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2xscE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.600 Å
晶胞边长 b length_b	102.400 Å
晶胞边长 c length_c	56.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.052 Å
最低分辨率 resolution_low	24.634 Å
R 因子 r_factor	0.1448
R_work r_work	0.1423
R_free r_free	0.1917

描述 description	SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B
分子量 formula_weight	7698.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	2922

Crystal structure of the cell-binding B oligomer of verotoxin-1 from E. coli

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHIGA-LIKE TOXIN 1 SUBUNIT B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	145

fit	/app/data/saxs_computation/xs/2xsc/2xsc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xs/2xsc/2xsc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xs/2xsc/2xsc.dat