2xts

Crystal Structure of the Sulfane Dehydrogenase SoxCD from Paracoccus pantotrophus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SULFITE DEHYDROGENASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYTOCHROME × 2 （O07819） PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 2 MOLYBDENUM (IV)OXIDE × 2 COBALT (II) ION × 2 GLYCEROL × 9 HEME C × 2 CALCIUM ION × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P72178_PARDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–390； UniProt 41–430 作者链 C； PDB构建体 1–390； UniProt 41–430

CYTOCHROME

物种未注明

UniProt O07819

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	SULFITE DEHYDROGENASE × 2 （P72178） PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 2 MOLYBDENUM (IV)OXIDE × 2 COBALT (II) ION × 2 GLYCEROL × 9 HEME C × 2 CALCIUM ION × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O07819_PARDE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205 作者链 D； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xts
沉积日期 deposition_date	2010-10-12
结构标题 title	Crystal Structure of the Sulfane Dehydrogenase SoxCD from Paracoccus pantotrophus
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX, SOX SYSTEM, SULFANE OXIDATION, MOLYBDENUM COFACTOR, HEME, ELECTRON TRANSFER; OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2xts__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2xts__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2xts__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.13 Å
Rg（电子密度）	32.71 Å
总 Rg	33.16 Å
原子数	9375
残基数	1186
排除体积	165560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2xts__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SULFITE DEHYDROGENASE
分子量 formula_weight	43494.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.2.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	10441

AGTPDPLITEIQPWASEFGEAVDAHPYGLPIHFESHVKRQYVEWLTESPVSSINFTPIHALEGTITPQGCAFERHHSGAIELSKQDYRLMINGLVEKPLVFTFEDLLRFPRTTTTAFCECAANGGMEWGGAQLEGCQYTQGMIHNMEYVGVPLSVLLAEAGVKPEGKWLYAEGADASSNGRSFPMEKVMDDVMLAFFANGEALRKEHGYPARLVVPGWEGNMWVKWVRRLGIYDKAVESREETSKYTDLMPDGRARKWTWVMDAKSVITSPSPQVPIRHGKGPLVISGLAWSGNGRITRVDVSLDGGKNWTTARITGQALPKALTRFHLDIDWDGSEMLLQSRAVDETGYVQPTKDALRAIRGRNNVYHNNGIQTWWVKADGEVENVEIA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CYTOCHROME
分子量 formula_weight	21898.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

DKLGLGREALPEEISAWDTAVLPDGQGLRPGSGDVATGDALFADNCASCHGDFAEGLDSWPVLAGGDGSLTDPRPVKTIGSYWPYLSTVYDYVHRSMPFGSAQTLSVDDTYAITAFLLYSNGLVEDDFVLTHENFTQVVLPNAEGFYPDDRDQTEYPLFSKEPCMTDCAVGVEITKRAVDLNVTPEDPDGRPAGSMPDLGAAAAP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER
分子量 formula_weight	395.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM (IV)OXIDE
分子量 formula_weight	127.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	956

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2xtsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain

结构域编号 domain_id	2xtsA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 —

结构域编号 domain_id	2xtsB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	2xtsC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain

结构域编号 domain_id	2xtsC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 —

结构域编号 domain_id	2xtsD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

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晶胞边长 a length_a	122.970 Å
晶胞边长 b length_b	122.970 Å
晶胞边长 c length_c	76.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.330 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.1070
R_work r_work	0.1070
R_free r_free	0.1111

Crystal Structure of the Sulfane Dehydrogenase SoxCD from Paracoccus pantotrophus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SULFITE DEHYDROGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CYTOCHROME

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xts__assembly_1__model_1

2xts__assembly_1__model_1 | I(q)

2xts__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Sulfane Dehydrogenase SoxCD from Paracoccus pantotrophus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SULFITE DEHYDROGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CYTOCHROME

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2xts__assembly_1__model_1

2xts__assembly_1__model_1 | I(q)

2xts__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)