SAXSdb — 2xvs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 5

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 261–424	片段：OLIGONUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN, RESIDUES 262-424	IOD IODIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.18M SODIUM IODIDE, 0.02M SODIUM ACETATE, 20% PEG3350, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.45% DMSO, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE PH8.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2XVS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6T59 Structure of rabbit 80S ribosome translating beta-tubulin in complex with tetratricopeptide protein 5 and nascent chain-associated complex 提交 2019-10-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric	链 TT 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
7QWS Structure of ribosome translating beta-tubulin in complex with TTC5 and NAC 提交 2022-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric	链 K 1–440（440 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 97	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
8BPO Structure of rabbit 80S ribosome translating beta-tubulin in complex with tetratricopeptide protein 5 (TTC5) and S-phase Cyclin A Associated Protein residing in the ER (SCAPER) 提交 2022-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 t2 1–440（440 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 214 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TTC5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–166； UniProt 261–424

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2xvs
沉积日期 deposition_date	2010-10-31
结构标题 title	Crystal structure of human TTC5 (Strap) C-terminal OB domain
关键词 keywords	ANTITUMOR PROTEIN, P53 COFACTOR, STRESS-RESPONSE, P300; ANTITUMOR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.07 Å
零角强度 I(0) i0	6402410.00
分子量 molecular_weight	18051.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22443 Å³
包络体积 envelope_volume	26313 Å³
水化壳体积 shell_volume	14178 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.3 Å
壳层 Rg shell_rg	21.55 Å
包络 Rg envelope_rg	16.46 Å
形状 Rg shape_rg	15.99 Å
总 Rg total_rg	17.30 Å
总原子数 total_atoms	1245
残基数 n_residues	165
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.9 Å
Rg (实空间) rg_real	17.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4020e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7720e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6402000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8063
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.238
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.292
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	938000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 5
分子量 formula_weight	18182.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1380

SMRQREQQLLEFLDRLTSLLESKGKVKTKKLQSMLGSLRPAHLGPCSDGHYQSASGQKVTLELKPLSTLQPGVNSGAVILGKVVFSLTTEEKVPFTFGLVDSDGPCYAVMVYNIVQSWGVLIGDSVAIPEPNLRLHRIQHKGKDYSFSSVRVETPLLLVVNGKPQG

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2xvsA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	550 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	30.260 Å
晶胞边长 b length_b	62.390 Å
晶胞边长 c length_c	78.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	78.770 Å
R 因子 r_factor	0.1755
R_work r_work	0.1724
R_free r_free	0.2364

fit	/app/data/saxs_computation/xv/2xvs/2xvs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xv/2xvs/2xvs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xv/2xvs/2xvs.dat

Crystal structure of human TTC5 (Strap) C-terminal OB domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction