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2xyu

Crystal structure of EphA4 kinase domain in complex with VUF 12058

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPHRIN TYPE-A RECEPTOR 4,

MUS MUSCULUS

UniProt Q03137

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 612–896 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1548-1832 GOL GLYCEROL × 6 Q9G 5-(5-FLUORO-2-METHYLPHENYL)-6,7,8,9-TETRAHYDRO-3H-PYRAZOLO[3,4-C]ISOQUINOLIN-1-AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；AMMONIUM SULFATE, BISTRIS PH 5.5, PEG 10K 分辨率 2.12 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2XYU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B0X THE CRYSTAL STRUCTURE OF AN EPH RECEPTOR SAM DOMAIN REVEALS A MECHANISM FOR MODULAR DIMERIZATION. 提交 1998-11-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 888–981（94 aa） 片段：SAM DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.278
2Y6M Crystal structure of EphA4 kinase domain 提交 2011-01-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 606–896（291 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 606-896
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 AMMONIUM SULFATE, BIS TRIS PH5.5, PEG 10 K
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
2Y6O Crystal structure of EphA4 kinase domain in complex with Dasatinib. 提交 2011-01-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 606–896（291 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 606-896
未记录 1N1 N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；AMMONIUM SULFATE, BIS TRIS PH 5.5, PEG 10K
分辨率 1.54 Å R-free 0.201

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EPHA4_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–285； UniProt 612–896

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2xyu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2xyu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2xyu
沉积日期 deposition_date2010-11-19
结构标题 titleCrystal structure of EphA4 kinase domain in complex with VUF 12058
关键词 keywordsSIGNALING PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.52 Å
零角强度 I(0) i015119600.00
分子量 molecular_weight29823.0 kDa
排除体积 excluded_volume37594 ų
包络体积 envelope_volume44469 ų
水化壳体积 shell_volume19250 ų
包络直径 envelope_diameter66.4 Å
壳层 Rg shell_rg25.71 Å
包络 Rg envelope_rg19.86 Å
形状 Rg shape_rg19.48 Å
总 Rg total_rg20.56 Å
总原子数 total_atoms2088
残基数 n_residues260
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.9 Å
Rg (实空间) rg_real20.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15120000.0000
解质量估计 total_estimate0.6701
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.2 Å
偏度 Skewness skewness0.314
峰度 Kurtosis kurtosis-0.372
角度范围 angular_range— – 0.3900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0008
最高正则化参数 α highest_alpha3891000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.998
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2xyua_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2xyuA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2xyuA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)