SAXSdb — 2y6w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BCL-2-LIKE PROTEIN 2

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–164 链 B； UniProt 1–164	片段：C-TERMINAL TRUNCATION, RESIDUES 1-164 突变：YES	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；5% (W/V) PEG 3000, 40% (W/V) PEG 400, 0.1M MES PH 6.5.	分辨率 2.00 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2Y6W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MK3 SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN BCL-W PROTEIN 提交 2002-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–171（170 aa）	突变：P116V	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 1.4 mM Bcl-w protein U-15N,13C, 20 mM phosphate buffer \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.3 mM Bcl-w protein U-15N, 20 mM phosphate buffer \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM Bcl-w protein U-15N, 6 MG/ML PF1-PHAGE \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1O0L THE STRUCTURE OF BCL-W REVEALS A ROLE FOR THE C-TERMINAL RESIDUES IN MODULATING BIOLOGICAL ACTIVITY 提交 2003-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–183（183 aa）	突变：A128E	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.7；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.7；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1 mM Bcl-w \| 50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成 1 mM, U-15N Bcl-w \| 50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成 1 mM, U-13C, 15N, Bcl-w \| 50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O	分辨率未提供
1ZY3 Structural model of complex of Bcl-w protein with Bid BH3-peptide 提交 2005-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–171（170 aa）片段：residues 2-171	突变：P116V	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.7 mM Bcl-w U-15N,13C, 0.7 mM Bid BH3-peptide, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM Bcl-w U-15N, 0.7 mM Bid BH3-peptide, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM Bid BH3-peptide U-15N, 0.7 mM Bcl-w, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4CIM Complex of a Bcl-w BH3 mutant with a BH3 domain 提交 2013-12-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–163（163 aa）链 Q 38–58（21 aa）片段：RESIDUES 38-58	突变：YES 突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；1 M TRISODIUM CITRATE 0.1 M IMIDAZOLE, PH 8.0	分辨率 1.50 Å R-free 0.210
4CIM Complex of a Bcl-w BH3 mutant with a BH3 domain 提交 2013-12-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–163（163 aa）链 P 38–58（21 aa）片段：RESIDUES 38-58	突变：YES 突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；1 M TRISODIUM CITRATE 0.1 M IMIDAZOLE, PH 8.0	分辨率 1.50 Å R-free 0.210

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2CL2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 14–177； UniProt 1–164 作者链 B； PDB构建体 14–177； UniProt 1–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2y6w
沉积日期 deposition_date	2011-01-27
结构标题 title	Structure of a Bcl-w dimer
关键词 keywords	APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.31 Å
零角强度 I(0) i0	18931700.00
分子量 molecular_weight	32750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40761 Å³
包络体积 envelope_volume	48597 Å³
水化壳体积 shell_volume	20162 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.47 Å
包络 Rg envelope_rg	20.28 Å
形状 Rg shape_rg	20.30 Å
总 Rg total_rg	21.14 Å
总原子数 total_atoms	2315
残基数 n_residues	294
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2470e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8291
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.126
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2975000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BCL-2-LIKE PROTEIN 2
分子量 formula_weight	19505.7 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2469

MGSHHHHHHGARQMATPASAPDTRALVADFVGYKLRQKGYVSGAGPGEGPAADPLHQAMRAAGDEFETRFRRTFSDLAAQLHVTPGSAQQRFTQVSDELFQGGPNWGRLVAFFVFGAALCAESVNKEMEPLVGQVQEWMVEYLETRLADWIHSSGGWAEFTALYGDGALEEARRLRE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	154

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2y6wa_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamily	f.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family family	f.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death

结构域编号 domain_id	d2y6wb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamily	f.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family family	f.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.227 Å
晶胞边长 b length_b	76.227 Å
晶胞边长 c length_c	112.847 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.637 Å
R 因子 r_factor	0.2011
R_work r_work	0.1989
R_free r_free	0.2442

fit	/app/data/saxs_computation/y6/2y6w/2y6w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y6/2y6w/2y6w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y6/2y6w/2y6w.dat

Structure of a Bcl-w dimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BCL-2-LIKE PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction