SAXSdb — 2y8n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT

CLOSTRIDIUM SCATOLOGENES

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT × 2 （Q38HX3） IRON/SULFUR CLUSTER × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT × 1 （Q38HX3） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT × 1 （Q38HX3） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HPDL_CLOSL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–897； UniProt 1–897 作者链 C； PDB构建体 1–897； UniProt 1–897

4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

CLOSTRIDIUM SCATOLOGENES

UniProt Q38HX3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT × 2 （Q38HX4） IRON/SULFUR CLUSTER × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT × 1 （Q38HX4） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT × 1 （Q38HX4） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HPDS_CLOSL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 D； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2y8n
沉积日期 deposition_date	2011-02-08
结构标题 title	Crystal structure of glycyl radical enzyme
关键词 keywords	LYASE, RADICAL CHEMISTRY, METALLOENZYME, IRON-SULFUR CENTER; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2y8n__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2y8n__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2y8n__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.26 Å
Rg（电子密度）	27.21 Å
总 Rg	28.12 Å
原子数	7496
残基数	955
排除体积	133480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2y8n__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2y8n__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2y8n__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT
分子量 formula_weight	100745.5 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.83
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	17094

MNVKETKLEDVLKSRGIDMKDAYNISEADIPEAKESTQKLMDIYYTLKVTADMEAAYWYNRTWWENDGEVIEVRRAKAVAASLSHMTPTILPYEKLVMNKTKNVRGAFPFPWVCASFFNAQAEALMNEVDAPAENEADSVSVVGAGGGNVTESYGNVISIAKKFGMRKEEIPVLVKTSKPWEGISVEELSNKYSKMTPGYDQFKNIMESVICMFDSFAIPQGREVINYYMPLQYGFDGIIKLCDEKIAEVMGEAGDDGDFGMSRGYYYAAMKEITKGLSAWCENYSKRAKYLASIETDSEIKANYEKIEEVMGNIAHKKPANFWEAIQMTLCCHFGVVNEDPQSGLSIGRLGQVLQPFYEKDVEDGIMTDEEVIELLELYRIKITCIECFASAGVSGGVLSGNTFNNLSLGGQNYDGLSAVTPLEYLIVEAGMRNQTPQPTLSVLYDEKTPEDFLMKAASCTKLGLGYPAWMNNQTGMNFMMRNYGPEGMDLHDARAWCLGGCLESAPGCFLPLEYNGKVTMIPGGASPTCGTGVHFIGMPKVLELVLTNGLDKRTGKQVYPPHNKKLDSYETMVNQWKEYMELTTDVVNRCNNIQMDIWRKYNMPAVNSLLKPDCFKKGKHIGTMGARYNSCINFESCGTITFVNSLSSIKKNVFDDSKFTIEEMTDAMLNNFGFKTAYETEVFSPDFRESTDKSTKYEKIFAACVNAPKYGNADKYADEIFKAYHYYIYDMTHKFRSYYGKPLYLCQISVSTHGPQGFVTLATADGRLAGTTYSDGSVSAAAGTDKNGIYAIFESATVYDHSMHQNAQMNLKLHPTAVKGINGTRKLLDLVRAYMRKGGFHVQFNVVDSKTLRDAQLTPEKYRELMVRVAGFTQYWCEIGKPIQDEVIYRTEYDK

来源 Source

来源生物 organism	CLOSTRIDIUM SCATOLOGENES
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1548
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT
分子量 formula_weight	9353.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.83
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MRHYDCKNYINLDCEKGLCALTKGMVPIDGEGSEACPNFKPAEKCGNCKNFCNPDKYGLGTCTGLEKENWAYATCGASACPSYKAE

来源 Source

来源生物 organism	CLOSTRIDIUM SCATOLOGENES
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1548
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2114

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2y8nA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2y8nB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	70 — Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	2y8nB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	70 — Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	2y8nC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2y8nD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	70 — Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	2y8nD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	70 — Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

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晶胞边长 a length_a	132.280 Å
晶胞边长 b length_b	227.760 Å
晶胞边长 c length_c	148.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	29.184 Å
R 因子 r_factor	0.1865
R_work r_work	0.1843
R_free r_free	0.2278

Crystal structure of glycyl radical enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2y8n__assembly_3__model_1

2y8n__assembly_3__model_1 | I(q)

2y8n__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of glycyl radical enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2y8n__assembly_3__model_1

2y8n__assembly_3__model_1 | I(q)

2y8n__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)