SAXSdb — 2y8t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE

TOXOPLASMA GONDII

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RHOPTRY NECK PROTEIN 2 × 1 （B9QQC1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RHOPTRY NECK PROTEIN 2 × 1 （B9QQC1） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BORIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B9QC59_TOXGO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–426； UniProt 64–484 作者链 D； PDB构建体 6–426； UniProt 64–484

RHOPTRY NECK PROTEIN 2

物种未注明

UniProt B9QQC1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE × 1 （B9QC59） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE × 1 （B9QC59） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BORIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B9QQC1_TOXGO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–37； UniProt 235–271 作者链 E； PDB构建体 1–37； UniProt 235–271

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2y8t
沉积日期 deposition_date	2011-02-10
结构标题 title	Co-structure of AMA1 with a surface exposed region of RON2 from Toxoplasma gondii
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN, MOVING JUNCTION, INVASION; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2y8t__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2y8t__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2y8t__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.31 Å
Rg（电子密度）	23.47 Å
总 Rg	24.42 Å
原子数	3391
残基数	431
排除体积	59748 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2y8t__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2y8t__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE
分子量 formula_weight	48013.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	7336

GSAMGSASTSGNPFQANVEMKTFMERFNLTHHHQSGIYVDLGQDKEVDGTLYREPAGLCPIWGKHIELQQPDRPPYRNNFLEDVPTEKEYKQSGNPLPGGFNLNFVTPSGQRISPFPMELLEKNSNIKASTDLGRCAEFAFKTVAMDKNNKATKYRYPFVYDSKKRLCHILYVSMQLMEGKKYCSVKGEPPDLTWYCFKPRKSVTENHHLIYGSAYVGENPDAFISKCPNQALRGYRFGVWKKGRCLDYTELTDTVIERVESKAQCWVKTFENDGVASDQPHTYPLTSQASWNDWWPLHQSDQPHSGGVGRNYGFYYVDTTGEGKCALSDQVPDCLVSDSAAVSYTAAGSLSEETPNFIIPSNPSVTPPTPETALQCTADKFPDSFGACDVQACKRQKTSCVGGQIQSTSVDCTADEQNECGSNTAAALVPR

来源 Source

来源生物 organism	TOXOPLASMA GONDII
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5811
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RHOPTRY NECK PROTEIN 2
分子量 formula_weight	3752.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

DIVQHMEDIGGAPPVSCVTNEILGVTCAPQAIAKATX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BORIC ACID
分子量 formula_weight	61.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	604

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2y8tA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2y8tD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

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晶胞边长 a length_a	69.860 Å
晶胞边长 b length_b	96.380 Å
晶胞边长 c length_c	78.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	39.810 Å
R 因子 r_factor	0.1730
R_work r_work	0.1701
R_free r_free	0.2280

Co-structure of AMA1 with a surface exposed region of RON2 from Toxoplasma gondii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RHOPTRY NECK PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2y8t__assembly_2__model_1

2y8t__assembly_2__model_1 | I(q)

2y8t__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Co-structure of AMA1 with a surface exposed region of RON2 from Toxoplasma gondii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RHOPTRY NECK PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2y8t__assembly_2__model_1

2y8t__assembly_2__model_1 | I(q)

2y8t__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)