2y8w

Structure of CRISPR endoribonuclease Cse3 bound to 20 nt RNA

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CSE3

THERMUS THERMOPHILUS

UniProt Q53WG9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 单体 蛋白 1 RNA 1 ;5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP*G)-3' ; × 1 water × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q53WG9_THET8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–215; UniProt 1–211

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2y8w
沉积日期 deposition_date2011-02-11
结构标题 titleStructure of CRISPR endoribonuclease Cse3 bound to 20 nt RNA
关键词 keywordsHYDROLASE-RNA COMPLEX, FERREDOXIN-LIKE; HYDROLASE/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2y8w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2y8w__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2y8w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)19.41 Å
Rg(电子密度)18.28 Å
总 Rg19.20 Å
原子数2120
残基数235
排除体积36415 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2y8w__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2y8wa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.53 — Ferredoxin-like domains from CRISPR-associated proteins
家族 Family familyd.58.53.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2y8wa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.53 — Ferredoxin-like domains from CRISPR-associated proteins
家族 Family familyd.58.53.1 — CRISPR-associated endoribonuclease Cse3-like
结构域编号 domain_idd2y8wa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2y8wA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1200 — Crispr-associated protein; domain 1
结构域编号 domain_id2y8wA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1210 — Crispr-associated protein; domain 2
▶

7. 引用文献 (1)