SAXSdb — 2y9x

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYPHENOL OXIDASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN × 1 COPPER (II) ION × 2 HOLMIUM ATOM × 1 2-HYDROXYCYCLOHEPTA-2,4,6-TRIEN-1-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN × 1 COPPER (II) ION × 2 HOLMIUM ATOM × 1 2-HYDROXYCYCLOHEPTA-2,4,6-TRIEN-1-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN × 1 COPPER (II) ION × 2 HOLMIUM ATOM × 1 2-HYDROXYCYCLOHEPTA-2,4,6-TRIEN-1-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN × 1 COPPER (II) ION × 2 HOLMIUM ATOM × 1 2-HYDROXYCYCLOHEPTA-2,4,6-TRIEN-1-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C7FF04_AGABI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–391； UniProt 2–392 作者链 B； PDB构建体 1–391； UniProt 2–392 作者链 C； PDB构建体 1–391； UniProt 2–392 作者链 D； PDB构建体 1–391； UniProt 2–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2y9x
沉积日期 deposition_date	2011-02-17
结构标题 title	Crystal structure of PPO3, a tyrosinase from Agaricus bisporus, in deoxy-form that contains additional unknown lectin-like subunit, with inhibitor tropolone
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, COPPER-CONTAINING, PIGMENTATION, TYPE-3 COPPER PROTEIN; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2y9x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2y9x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2y9x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.07 Å
Rg（电子密度）	25.19 Å
总 Rg	26.02 Å
原子数	4275
残基数	527
排除体积	75380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2y9x__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2y9x__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2y9x__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2y9x__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	POLYPHENOL OXIDASE
分子量 formula_weight	45318.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.18.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	17125

SDKKSLMPLVGIPGEIKNRLNILDFVKNDKFFTLYVRALQVLQARDQSDYSSFFQLGGIHGLPYTEWAKAQPQLHLYKANYCTHGTVLFPTWHRAYESTWEQTLWEAAGTVAQRFTTSDQAEWIQAAKDLRQPFWDWGYWPNDPDFIGLPDQVIRDKQVEITDYNGTKIEVENPILHYKFHPIEPTFEGDFAQWQTTMRYPDVQKQENIEGMIAGIKAAAPGFREWTFNMLTKNYTWELFSNHGAVVGAHANSLEMVHNTVHFLIGRDPTLDPLVPGHMGSVPHAAFDPIFWMHHCNVDRLLALWQTMNYDVYVSEGMNREATMGLIPGQVLTEDSPLEPFYTKNQDPWQSDDLEDWETLGFSYPDFDPVKGKSKEEKSVYINDWVHKHYG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LECTIN-LIKE FOLD PROTEIN
分子量 formula_weight	16478.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MAQARKIPLDLPGTRILNGANWANNSATENLATNSGTLIIFDQSTPGQDADRWLIHNYLDGYKIFNMGSNNWASVSRGNTVLGVSEFDGQTCKWSIEYSGNGEEFWIRVPREGGGGAVWTIKPASSQGPTTVFLDLLKETDPNQRIKFAV

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	HOLMIUM ATOM
分子量 formula_weight	164.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-HYDROXYCYCLOHEPTA-2,4,6-TRIEN-1-ONE
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	25

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2y9xA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — di-copper center containing domain from catechol oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Di-copper center containing domain from catechol oxidase

结构域编号 domain_id	2y9xB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — di-copper center containing domain from catechol oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Di-copper center containing domain from catechol oxidase

结构域编号 domain_id	2y9xC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — di-copper center containing domain from catechol oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Di-copper center containing domain from catechol oxidase

结构域编号 domain_id	2y9xD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — di-copper center containing domain from catechol oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Di-copper center containing domain from catechol oxidase

结构域编号 domain_id	2y9xE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2y9xF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2y9xG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2y9xH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

▶

晶胞边长 a length_a	103.840 Å
晶胞边长 b length_b	104.820 Å
晶胞边长 c length_c	119.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.780 Å
最低分辨率 resolution_low	58.030 Å
R 因子 r_factor	0.2380
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2890

Crystal structure of PPO3, a tyrosinase from Agaricus bisporus, in deoxy-form that contains additional unknown lectin-like subunit, with inhibitor tropolone

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYPHENOL OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2y9x__assembly_1__model_1

2y9x__assembly_1__model_1 | I(q)

2y9x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of PPO3, a tyrosinase from Agaricus bisporus, in deoxy-form that contains additional unknown lectin-like subunit, with inhibitor tropolone

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYPHENOL OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2y9x__assembly_1__model_1

2y9x__assembly_1__model_1 | I(q)

2y9x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)