2yev

Structure of caa3-type cytochrome oxidase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2 × 1 （Q5SLI2） CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV × 1 （Q5SH67） ;(1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE ; × 1 HEME-AS × 2 COPPER (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 HEME C × 1 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2 × 1 （Q5SLI2） CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV × 1 （Q5SH67） ;(1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE ; × 1 HEME-AS × 2 COPPER (II) ION × 1 (2R)-3-HYDROXYPROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE × 1 (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL (7Z)-TETRADEC-7-ENOATE × 2 MAGNESIUM ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 HEME C × 1 1,3-DIHYDROXYPROPAN-2-YL (Z)-TETRADEC-7-ENOATE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX13_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–791； UniProt 1–791 作者链 D； PDB构建体 1–791； UniProt 1–791

CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2

物种未注明

UniProt Q5SLI2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III × 1 （P98005） CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV × 1 （Q5SH67） ;(1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE ; × 1 HEME-AS × 2 COPPER (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 HEME C × 1 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III × 1 （P98005） CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV × 1 （Q5SH67） ;(1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE ; × 1 HEME-AS × 2 COPPER (II) ION × 1 (2R)-3-HYDROXYPROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE × 1 (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL (7Z)-TETRADEC-7-ENOATE × 2 MAGNESIUM ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 HEME C × 1 1,3-DIHYDROXYPROPAN-2-YL (Z)-TETRADEC-7-ENOATE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SLI2_THET8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 E； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337

CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV

物种未注明

UniProt Q5SH67

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III × 1 （P98005） CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2 × 1 （Q5SLI2） ;(1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE ; × 1 HEME-AS × 2 COPPER (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 HEME C × 1 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III × 1 （P98005） CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2 × 1 （Q5SLI2） ;(1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE ; × 1 HEME-AS × 2 COPPER (II) ION × 1 (2R)-3-HYDROXYPROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE × 1 (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL (7Z)-TETRADEC-7-ENOATE × 2 MAGNESIUM ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1 HEME C × 1 1,3-DIHYDROXYPROPAN-2-YL (Z)-TETRADEC-7-ENOATE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SH67_THET8
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–66； UniProt 1–66 作者链 F； PDB构建体 1–66； UniProt 1–66

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2yev
沉积日期 deposition_date	2011-03-31
结构标题 title	Structure of caa3-type cytochrome oxidase
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2yev__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2yev__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2yev__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.76 Å
Rg（电子密度）	31.48 Å
总 Rg	32.18 Å
原子数	9651
残基数	1162
排除体积	176420 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2yev__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2yev__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III
分子量 formula_weight	89281.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	19587

MAITAKPKAGVWAVLWDLLTTVDHKKIGLMYTATAFFAFALAGVFSLLIRTQLAVPNNQFLTGEQYNQILTLHGATMLFFFIIQAGLTGFGNFVVPLMLGARDVALPRVNAFSYWAFLGAIVLALMSYFFPGGAPSVGWTFYYPFSAQSESGVDFYLAAILLLGFSSLLGNANFVATIYNLRAQGMSLWKMPIYVWSVFAASVLNLFSLAGLTAATLLVLLERKIGLSWFNPAVGGDPVLFQQFFWFYSHPTVYVMLLPYLGILAEVASTFARKPLFGYRQMVWAQMGIVVLGTMVWAHHMFTVGESTLFQIAFAFFTALIAVPTGVKLFNIIGTLWGGKLQMKTPLYWVLGFIFNFLLGGITGVMLSMTPLDYQFHDSYFVVAHFHNVLMAGSGFGAFAGLYYWWPKMTGRMYDERLGRLHFWLFLVGYLLTFLPQYALGYLGMPRRYYTYNADIAGWPELNLLSTIGAYILGLGGLVWIYTMWKSLRSGPKAPDNPWGGYTLEWLTASPPKAHNFDVKLPTEFPSERPLYDWKKKGVELKPEDPAHIHLPNSSFWPFYSAATLFAFFVAVAALPVPNVWMWVFLALFAYGLVRWALEDEYSHPVEHHTVTGKSNAWMGMAWFIVSEVGLFAILIAGYLYLRLSGAATPPEERPALWLALLNTFLLVSSSFTVHFAHHDLRRGRFNPFRFGLLVTIILGVLFFLVQSWEFYQFYHHSSWQENLWTAAFFTIVGLHGLHVVIGGFGLILAYLQALRGKITLHNHGTLEAASMYWHLVDAVWLVIVTIFYVW

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2
分子量 formula_weight	37388.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MQRSFAALGLWGLSLAQEAHRVAITHPGGSFNQEVAFLFPWVYFFSFLIFLVVAGSLAYVTWKFRARPEDQEEPPQIHGNDRLEVVWTLIPLAIVFVLFGLTAKALIQVNRPIPGAMKVEVTGYQFWWDFHYPELGLRNSNELVLPAGVPVELEITSKDVIHSFWVPGLAGKRDAIPGQTTRISFEPKEPGLYYGFCAELCGASHARMLFRVVVLPKEEFDRFVEAAKASPAPVADERGQQVFQQNCAACHGVARSMPPAVIGPELGLWGNRTSLGAGIVENTPENLKAWIRDPAGMKPGVKMPGFPQLSEEDLDALVRYLEGLKVEGFDFGALPKF

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV
分子量 formula_weight	7354.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MVYIALFALGAALVTLFFYLILNPRVLTTEGETFDLRFVLFMLLLILLAAGTVALMLLIGKAHHLL

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;(1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE ;
分子量 formula_weight	1233.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	HEME-AS
分子量 formula_weight	921.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(2R)-3-HYDROXYPROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL (7Z)-TETRADEC-7-ENOATE
分子量 formula_weight	300.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	1,3-DIHYDROXYPROPAN-2-YL (Z)-TETRADEC-7-ENOATE
分子量 formula_weight	300.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	392

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2yevA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	2yevA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2yevA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	2yevB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	2yevB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	2yevC00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2yevD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	2yevD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2yevD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	2yevE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	2yevE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	2yevF00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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晶胞边长 a length_a	127.250 Å
晶胞边长 b length_b	76.030 Å
晶胞边长 c length_c	300.267 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.360 Å
最低分辨率 resolution_low	77.179 Å
R 因子 r_factor	0.1736
R_work r_work	0.1712
R_free r_free	0.2183

Structure of caa3-type cytochrome oxidase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CAA3-TYPE CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2yev__assembly_2__model_1

2yev__assembly_2__model_1 | I(q)

2yev__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)